毛细管凝胶电泳色谱仪（CGE）是20世纪80年代后期发展起来的毛细管电泳分离模式。它是将常规凝胶电泳仪对生物大分子的分离能力与毛细管电泳仪的快速、微量和定量分析相结合，是当今分离度极高的一种分离技术。
聚丙烯酰胺凝胶是CGE的理想载体，将聚丙烯酰胺等在毛细管中交联生成网状多孔凝胶，以凝胶作为载体进行电泳。由于凝胶多孔，具有类似分子筛的作用，荷质比相等但大小不同的分子，在电场作用下发生迁移，其迁移速度受到凝胶网状结构的阻碍。大分子受到的阻力大，迁移速度慢，小分子受到的阻力小，迁移速度快，从而达到相互分离。
蛋白质、DNA和蛋白质－SDS聚合物等的荷质比与分子大小无关，在CZE分离模式中，淌度几乎没有差别，很难分离，采用CGE能获得良好分离。CGE与LIFD相结合已成为DNA快速序列分析的优选方法。
由于聚丙烯酰胺凝胶粘度大，抗对流性好，散热性好，能有效减小组分的扩散，因此能限制谱带展宽，所得峰形尖锐，分离度极高，是CE分离模式中柱效最高的一种分离方法。
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