扫描探针显微镜是除了场离子显微镜和高分辨率透射电子显微镜之后的第三种以原子尺度观察物质结构的显微镜。以扫描隧道显微镜(STM)为例，其横向分辨率为0.1~0.2nm，纵向深度分辨率则为0.01nm，这样的分辨率可以清楚地观测到分布在样品表面的单个原子或分子。同时，扫描探针显微镜还可以在空气，其他气体或液体环境下进行观察研究。
扫描探针显微镜拥有原子分辨、原子搬运、纳米微加工等特点，但是由于细部各种扫描显微镜的工作原理不同，它们得到的结果所反映的样品表面信息是很不同的。扫描隧道显微镜测量的是样品表面的电子台分布信息，具有原子级别的分辨率但仍得不到样品的真结构。而原子显微镜探测的是原子之间的相互作用信息，因此可以得到样品表面原子分布的排列信息即样品的真实结构。但另一方面，原子力显微镜测不到可以和理论比较的电子态信息，因此二者各有短长。
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