凝胶色谱仪是以多孔性物质（凝胶）作为固定相，样品分子受固定相孔径大小的影响而实现分离。小分子可以扩散到凝胶空隙中通过，出峰最慢。中等分子只能通过部分凝胶空隙，中速通过。大分子被排斥在外，出峰最快。溶剂分子最小，在最后出峰。
排阻极限是指不能进入凝胶色谱柱凝胶空隙内的最小分子分子量。所有分子量大于排阻极限的分子都不能进入凝胶空隙内，直接从凝胶颗粒外流出，被最先洗脱出来。排阻极限代表一种凝胶能有效分离的最大分子分子量，大于这种排阻极限的分子用这种凝胶不能得到分离。
渗透极限是指能够完全进入凝胶色谱柱凝胶空隙内的最大分子分子量。
在选择固定相时，应使欲分离样品分子的分子量在固定相的渗透极限和排阻极限之间。
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