为了保证和延长光学显微镜的使用寿命，光学显微镜除了在使用过程中应多加注意之外，日常保养液很重要。一般说来，显微镜的保养需要注意以下几个方面：防潮，防尘，防腐蚀和防热。显微镜的光学镜片和机械零部件最忌发潮，维护光学显微镜装箱的干燥就成为重中之重。为了解决这个问题，可以在装箱中放置1~2带硅胶，这可以起到干燥剂的作用。至于防尘，则是需要从小处着手，尤其是敏感的光学部件，要经常擦拭光学显微镜保持显微镜的清洁。防腐蚀则很简单，注意不要将显微镜和具有腐蚀性的化学试剂放在一起即可。而防热则需要使用者注意将显微镜放置在阴凉的地方，如果能够同时具有干燥、无尘和无腐蚀的环境更好。光学显微镜机械部位的保养则需要考虑各种部位的不同使用用途。滑动部位要经常擦些润滑油，油漆和塑料表面的顽固污渍可以用硅布加软性清洁剂解决，切记不可使用有机溶剂，以防腐蚀机械和油漆。
至于光学部件的保养则需要考虑镜片和污渍的材质。一般性的粉尘直接用柔软干净绸布直接擦拭干净即可。遇到顽固的污迹，可以选用长纤维脱脂棉或干净细棉布取用少量二甲苯或镜头清洗液擦洗，污渍擦拭干净后直接用软布擦干。如果条件允许，也可以直接用吹风球吹干。不过在进行这个操作时，需要注意一个问题：由于清洗液是由酒精和乙醚勾兑而成，这两种物质都容易燃烧，所以在使用时注意防火。另外也要当心不可让清洗液渗入物镜镜片内部，以防损害镜片。当然，我们还会遇到一个问题，如果前期维护不当，导致物镜或目镜发霉生雾时，也有一定方法清理。首先，将无水乙醇和乙醚以3:7的比例勾兑，其次将不同镜头分别放置在干燥剂器皿中，然后用柔软的清洁用具如棉花棒，纱布，柔软的刷子等轻轻擦拭，千万不能用力，否则易损害镜片。由于油镜的使用特殊，使用完毕之后需要立即清洗，特别是100×的油镜。奥林巴斯CX21目镜和物镜的清洗液不一样，主要是因为目镜可以拆卸，而物镜不能。不过徕卡DMIL-PH1目镜拆卸之后需要重新安装，注意不能安反，前方凹面朝上。镜片的维护非常重要，一般要保持2个月一次的频率保养。若镜片数量多时，还要注意分清镜片的型号。
无论是多好的清洁措施也不如保养本身重要，如果可以的话，尽量保证定期检查，正确保养，这样的话，光学显微镜的性能就没什么问题啦
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