气相色谱仪填充柱柱效比毛细管柱低，因此需要针对不同的样品配备许多不同的填充柱。如果使用毛细管柱，三支毛细管柱可分析90%以上的GC样品，四支毛细管柱可分析几乎所有GC样品。气相色谱仪毛细管柱具有渗透性好、相比大、总柱效高和柱容量小等特点。
一、渗透性好：
一般毛细管柱的比渗透率约为填充柱的100倍，在同样的柱压下，可使用更长的毛细管柱，而载气流速可保持不变。
二、相比大：
相比大，传质快，有利于提高柱效。K值小有利于快速分析。毛细管柱的液膜厚度小，柱效高，柱渗透性大，因此可采用较高流速，缩短分析时间。
三、总柱效高：
从单位柱长的柱效看，毛细管柱和填充柱处于同一数量级，但毛细管柱的长度比填充柱长，因此其总柱效远高于填充柱，大大提高分离复杂混合物的能力。总之，毛细管柱渗透性大，可采用长柱子和高载气流速，使其保持高柱效和快速分离。
四、柱容量小：
毛细管柱允许的进样量小，对进样和检测技术要求更高，需要采用分流进样和尾吹气路。
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