有些色谱柱（如凝胶柱）不允许气泡进入，否则会降低柱效，甚至形成难以去除的小气室。因此，为了防止气泡进入柱，必须使用脱气流动相，并严格按照以下程序安装柱：
A.取下下色谱柱入口的密封螺钉观察是否有溶剂泄漏；
b.如果溶剂渗出则可以将色谱柱连接到管道上避免气泡进入；
C.如果没有溶剂渗出，说明空气已经进入色谱柱的这一端。此时，将色谱柱出口端与进样阀连接，用流动相反方向冲洗色谱柱，以除去色谱柱中的空气。优选用0.2ml/min的小流量冲洗柱，这将导致柱性能的降低，如果溶剂的流速过快或压力的突然增加将导致柱性能的降低；
D.如果流出的溶剂不含气泡，说明塔中的气体已经排出，然后将塔连接在正确的方向，这样气泡就不会进入塔中。
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