很容易找到自动进样器的故障。有时如果液相色谱仪系统有故障，不能确定是不是注射器的故障可以用手动进样几次，也可以用好的自动进样器代替。如果故障排除，则表明自动取样装置有问题。不同厂家的自动收集器有很大的不同。除了一些常见的故障参考操作手册或联系供应商。
除了自动喷油器的机械和控制系统故障外，在操作和方法上也可能存在相应的问题。根据自动喷油器的设计特点，阐述了试验过程中可能出现的问题。
一、滞后体积
高效液相色谱(HPLC)中的滞后体积是指从流动相混合器到圆柱体的体积，包括混合器和圆柱体之间的溶剂混合器和连接管的体积。对于低压混合系统，也包括泵容积。延迟量大可能导致重复性差，移植困难在常用的高效液相色谱系统中，滞后体积一般在0.2mL~5ml之间，这主要取决于装置的设计。
滞后量重要的部分是自动进样器定量回路的容积。只有当定量环的体积小于100μL时，才能近似忽略环对滞后体积的影响。当定量环的体积较大时，效果就会显现出来
例如，当使用50μL定量环时，滞后体积为300μL。用1ml定量环，滞后体积为1250μL，直接影响色谱分离效果。在实际分离过程中，当色谱柱较薄时，必须考虑滞后体积的影响。解决办法是更换较小的定量环，减少滞后体积。
二、样品瓶过满
如果样品瓶过满，当瓶盖紧且注射量大时，注射重复性会变差究其原因，是当样品瓶中的样品被抽出时，紧闭的瓶盖无法使空气及时进入，造成部分真空由于这种真空，注射器无法吸收足够的样品体积在极端情况下，对于挥发性稀溶液样品，针头中甚至可能出现气泡，影响分析的正常操作。
一些自动采样器使用空针来克服这个问题，但是这种方法并不常用。更简单的解决办法是不要把样品瓶灌得太满。一般样品大小在样品瓶中的1至3倍之间。
三、进针深度的调节
当有足够的样本时，不必考虑这个问题。然而，对于痕量分析，针深的调整将更加突出。理想情况下，针头可以插在靠近样品瓶底部的地方，这样样品可以在很大程度上使用当可用的样品体积受到限制时，可以使用痕量样品瓶增加给定体积样品的相对深度。如果针太深，可能会插入样品瓶底部，甚至导致针尖堵塞如果针的深度不够，样品将只到达针头的尖端，针头将不能取足够数量的样品，一部分空气将替换针头。
针深调整一般采用机械或电气方法。目前，大多数厂家都可以在液相色谱仪的色谱工作站上设置。无论使用哪种方法，必须在实验前仔细调整样品瓶的类型，并在改变样品瓶的类型时重新调整样品瓶的类型。
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