一般情况下，当乙腈超过15%且甲醇超过30%时，可能会下降水膜。因此，如果比例高于此使用有机膜过滤。流动相过滤膜与样品滤膜相同。
接下来是孔径。
滤膜的孔径可分为4.5um和2.2um两种（常见）这基于列。
一般色谱柱为5um*4.6mm*250mm部分柱长也为150mm主要粒径为5um。
如果为5um，则可以选择4.5um过滤器确保过滤后的流动相能顺利通过色谱柱。
但有很多粮食后的尺寸例如3.5um，3.0um，此时应选择2.2um的滤膜。
也就是说，过滤器的孔径小于柱的孔径。流动相和样品滤膜的情况相同。
还有一种特殊的情况：当样品变脏时。例如，合成过程中的中间体，如在制备过程中有大量粉状赋形剂时，或当悬浮液被过滤时。为了安全起见，优选使用0.22μm滤膜。这只适用于个别样品。
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