1.色谱柱中的流动相是否会会排干的问题：
不少做色谱分离试验的人遇到过这样的情形：不慎未及时补充流动相泵将溶剂瓶中的流动相吸干了HPLC系统由此而停止工作了这会损坏色谱柱吗?泵是否排出了塔中的所有流动相？色谱柱还能用吗事实上，如果泵吸收了溶剂瓶中的流动相，就不会对色谱柱造成损坏,即使泵内充满空气，泵也不会将空气排入塔中,因为泵只能输送液体，不能输送空气。
2.色谱柱变干的问题：
另一种更可能的情况是忘记盖上色谱柱两端的密封盖或者因为盖子太松而使色谱柱干燥同样整个柱的干燥也不容易发生，其中大部分可能在柱两端只有几毫米干燥，因为蒸发所有溶剂需要很长时间。即使色谱柱真的很干，也不一定是不能治愈的。你可以试着用完全去气的低表面张力溶剂(如被氦气分解的甲醇)冲洗色谱柱，以除去气体较低的表面张力有助于浸透填料表面；脱气溶剂应能够溶解和去除填料中残留的气体。高效液相色谱柱需要1小时或更长时间才能彻底吸收(流速为1ml/min)，并恢复正常状态。
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