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这不是绝对的。因为当高效液相色谱仪工作时，进入气泡特别麻烦，特别是在探测器中，有时很难出来。进入气泡最容易的地方是流动阶段的滤头。几乎99％的气泡从那里进入，所以当通过泵进入柱时，就会加入一个排水阀。
如果有气泡，可以直接排出。而有时在更换系统时，由于色柱过大时柱无法承受压力，系统只能以1-2ml/min的流速冲洗，但若开启净化器，然后流量可以设为2-3甚至5ml/min，这样转换系统速度很快，节省了很多时间。
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