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制备RNA样品的方法如何选择?

2020.2.01
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王辉

致力于为分析测试行业奉献终身

您在进行科研工作的时候,是否经常遇到过以下问题:

  1. 我的RNA样本量很少,我不想要总RNA;

2.我想检测RNA上m6A甲基化水平,我不想用复杂的液相色谱质谱联用(LC-MS)方法;

3.我想研究退行性神经疾病,我不想使用传统的镀银染色法。

【解决方案一】:

在某些情况下,研究者们更希望能够提取特定分馏的RNA,而不是总RNA。如在一些表达谱研究中,最好能够提取成熟的细胞质(Cytoplasmic)RNA。而在研究分析未剪接的RNA前体时,提取细胞核(Nuclear )RNA会是一个更好的选择。然而,市面上绝大多数厂家只能分别提供2种试剂盒来提取细胞质与细胞核的RNA,不仅费用高昂,而且浪费大量的材料与时间。

【解决方案二】:

目前检测m6A所用的技术手段包括高通量测序、比色法以及液相色谱质谱联用(LC-MS)等。高通量测序偏向单碱基水平鉴定m6A;而比色法与LC-MS/MS比较相似,也是从整体水平上检测RNA上m6A甲基化水平,Epigentek公司推出的这款名为EpiQuik M6A RNA Methylation Quantification Kit试剂盒,原理与ELISA反应类似,经过优化后检测m6A灵敏度会更高,操作更为简便,不限种属。

【解决方案三】:

神经元变性的原因和影响是神经科学家们的主要关注点,目前已有多种检测神经元变性的方法,包括镀银染色和FJC染色方法。FJC 染色是近年来新兴的一种神经元荧光染色技术,不仅避免了常规镀银染色的繁琐和高成本,而且可以与其它荧光素标记物结合进行多重荧光染色。

目前用于退变神经元染色的FJ 染料主要有FJ、FJB 和FJC 三种。与FJ 和FJB 染料相比,Fluoro-Jade C具有最高的信号背景比,以及最高的分辨率。这转化为对退化神经元的最大对比度和亲和力的染色。这使其不仅可以定位神经细胞体的退化,还可以定位远端树突,轴突和末端。该染料具有高度抗褪色性,几乎与所有组织学处理和染色方案兼容。Fluoro-Jade C可染色所有退化神经元。Biosensis公司推出了的全球畅销Fluoro-Jade C (FJC) 退化神经元染色试剂盒。

Norgen-Cat# 21000

Neuronal hemoglobin affects dopaminergic cells’ response to stressCell Death and Disease. 2017.

Satellite RNAs promote pancreatic oncogenic processes via the dysfunction of YBX1Nature Communications. 2016.

Epigentek-Cat# P-9005

Transcription Impacts the Efficiency of mRNA Translation via Co-transcriptional N6-adenosine Methylation. Cell. 2017. 

Biosensis-Cat# TR-100-FJ

Retrograde transport of TrkB-containing autophagosomes via the adaptor AP-2 mediates neuronal complexity and prevents neurodegeneration. Nature Communications. 2017.

Hydrogen inhalation during normoxic resuscitation improves neurological outcome in a rat model of cardiac arrest independently of targeted temperature management. Circulation. 2014.


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