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C.elegans基因文库的分类和选择

2020.2.01
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王辉

致力于为分析测试行业奉献终身

自 1995 年成立以来,Dharmacon 在生物信息学,RNA 生物学和合成化学方面的专长 , 使我们能够开发出一整套研究基因功能的产品。

作为 RNA 定制合成的领导者,Dharmacon 公司是 RNA 干扰新发现领域的早期参与者,并且在若干重要的科学发现中,以及确保沉默效率的 siRNA 试剂的商业化过程中做出了重大贡献。Dharmacon 公司保持技术进步,利用生物信息学和化学修饰提高产品性能,从而维持了长久以来 siRNA 领域的领先性。当今,我们研究的领域和研究工具已经扩展到支持 RNA 干扰应用的方方面面;如,siRNA,慢病毒shRNA,microRNA 研究工具,以及对基因,microRNA 和 lncodeRNA 进行功能性筛选的全基因组文库。同样,在过表达研究应用中,Dharmacon 公司收集了齐全的商业化 cDNA 和 ORF 文库。

秀丽隐杆线虫(Caenorhobditis elegans)是一种重要的生物学研究模式生物,在细胞凋亡和RNA干扰(RNAi)方面取得了突破性进展。

文库种类

Dharmacon线虫资源包括多个线虫基因组文库,包括ORF文库、RNAi文库、转录因子文库和启动子文库等。除此之外,Dharmacon 针对Caenorhobditis elegans 研究领域提供了Zoonome siRNA 文库。

线虫(Caenorhobditis elegans)基因cDNA&ORF文库     

(1)线虫ORFs库(C.elegans ORF Collection)

秀丽隐杆线虫ORF文库是功能性秀丽线虫蛋白质组基因文库,它由一组预测的蛋白质编码开放阅读框(ORFs)组成,这些开放阅读框已克隆Gateway-供体载体中。该线虫ORF文库可用于表达约11000种线虫蛋白。通过高通量策略和大规模相互作用图谱进一步研究线虫蛋白表达,可深入了解线虫的蛋白质功能。

(2)线虫RNAi文库(C. elegans RNAi Collection)       

源于秀丽线虫ORFeome文库v1.1,秀丽线虫RNAi文库提供了11000多个RNAi克隆,全面覆盖筛选范围。这些克隆被整合到pL4440-dest-RNAi目的载体中,以大肠杆菌饲养菌株 HT115(DE3)甘油菌形式保存。在RNAi 浸润或注射,可以作为体外合成dsRNA的模板。

(3)线虫启动子文库(C. elegans Promoter Collection)

该文库包含6000多个秀丽隐杆线虫基因的预测启动子,这些基因已被克隆到Gateway重组载体中,从而构建启动子融合结构。这种线虫“启动子组”的潜在应用包括构建启动子-GFP融合体,用于获得蛋白质表达图谱和亚细胞定位,以及芯片和酵母单杂交分析。通过启动子与线虫ORF文库结合,还可用于组织特异性RNAi、亚细胞蛋白定位和异位(ectopic)表达研究。

(4)线虫转录因子(C. elegans Transcription Factors)

此文库包含755个线虫转录因子ORFs,约占全部预测的线虫转录因子的80%,并已克隆到Gateway兼容的Y1H“猎物”载体pDEST-AD中,可用于酵母单杂交(Y1H)和双杂交(Y2H)检测.

Zoonom siRNA (线虫)

Dharmacon可直接提供现有的线虫Zoonome siRNA文库产品,需要1000个基因的siRNA起订,最小规格0.1nmol。客户也可根据需求提供设计好的siRNA序列,Dharmacon提供定制合成服务,不限规格和基因数目。该文库主要是siGENOME形式。siGENOME是在合理选择沉默靶点的基础上结合完善的热力学分析,选择最优特征的反义链,保证高效沉默。自从2004年面世以来,siGENOME已在全球市场经受了长时间的品质考验。

 

参考文献:

1.J. Reboul et al., C. elegans ORFeome version 1.1 experimental verification of the genome annotation and resource for proteome-scale protein expression. Nature Genetics. 34 (May 2003).

2.J. F. Rual et al., Toward Improving Caenorhabditis elegans Phenome Mapping With an ORFeome-Based RNAi Library. Genome Res. 14(10b),2162–2168 (2004).

3.D. Dupuy et al., A First Version of the Caenorhabditis elegans Promoterome. Genome Res. 14, 2169-2175 (2004)

4.Deplancke B et al., A gene-centered C. elegans protein-DNA interaction network.Cell. 125(6), 1193–1205 (2006).

5.V. Vermeirssen et al., A C. elegans transcription factor array and Steiner Triple System-based smart pools: high-performance tools for transcription regulatory network mapping. Nature Methods. 4, 659–664 (2007).


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