1月7日，上海市（复旦大学附属）公共卫生临床中心和公共卫生学院、华中科技大学武汉中心医院、中国疾病预防控制中心(CDC)传染病预防控制研究所、武汉疾病预防控制中心、澳大利亚悉尼大学等向顶尖学术期刊《自然》（Nature）提交有关新型冠状病毒的论文：《一种与中国呼吸道疾病相关的新冠状病毒》，文中研究团队将该病毒称为WH-Human 1冠状病毒（WHCV），这篇论文于2月3日发表。
1月12日，世界卫生组织（WHO）将造成武汉肺炎疫情的新型冠状病毒命名为“2019新型冠状病毒”(2019-nCoV)。后续的学术论文基本使用了这一命名。
2月7日，国家卫生健康委发布关于新型冠状病毒肺炎暂命名事宜的通知，决定将“新型冠状病毒感染的肺炎”暂命名为“新型冠状病毒肺炎”，简称“新冠肺炎”；英文名称为“Novel Coronavirus Pneumonia”，简称“NCP”。
2月11日，世界卫生组织（WHO）宣布将新型冠状病毒感染引起的疾病正式命名“COVID-19”。同日，国际病毒分类委员会声明，将引发疾病的新型冠状病毒命名为“SARS-CoV-2”。
同一天内，不同机构分别宣布疾病及其病毒的名称，不少网友表示一头雾水，学界则表现出赞同和反对的不同意见。
2月8日，国务院联防联控新闻发布会上，新闻发言人现场发布关于新冠病毒感染的肺炎暂命名的通知，新型冠状病毒感染的肺炎统一称谓为“新型冠状病毒肺炎”，简称“新冠肺炎”，英文名为“Novel coronavirus pneumonia”，简称为“NCP”。
据世界卫生组织介绍，“COVID-19”是Coronavirus Disease 2019（“2019年冠状病毒病”）的首字母缩写。该命名与引起疾病的病毒有关：其中CO代表Corona（冠状），VI代表Virus（病毒），D代表Disease（疾病），19则因为疾病爆发于2019年。
世界卫生组织在推特上表示，“COVID-19”提供了一种标准格式，可用于将来任何冠状病毒疫情。
对于为什么要提出此命名，世界卫生组织表示，拥有正式的疾病名称很重要，可以防止人们使用其他可能不准确或“污名化”的名称。新名称没有提及与冠状病毒有关的任何人、地方或动物，其目的就是避免“污名化”。
疾病的命名可能对一个国家或社区产生多重的影响，例如中东呼吸综合征、猪流感和西班牙流感等，都在一定程度上导致了误导公众、污名化地区和物种的后果。为了减少对国家，经济和人民的不必要负面影响，世卫组织于2015年发布命名新的人类传染病的“最佳做法”。
对于引发这一疾病的病毒，国际病毒分类委员会（ICTV）宣布将其命名为“SARS-CoV-2”(Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2，可译为严重急性呼吸综合征（SARS）冠状病毒2号)。
国际病毒分类委员会成立于1966年，旨在标准化病毒的命名。该委员会授权并组织病毒的分类和命名，制定了一套通用的病毒分类方案，以适当地描述、命名和分类影响活生物体的病毒。自1971年以来，ICTV大约每十年发布两次病毒分类学报告。
对于“SARS-CoV-2”这一命名的由来，国际病毒分类委员会在其官网解释，委员会的冠状病毒研究小组在一项研究中确定，导致目前爆发冠状病毒病的病毒属于现存的物种，即“严重急性呼吸综合征相关冠状病毒”（Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus）。此研究已分享在预印本论文平台BioRxiv。
对于病毒命名与疾病命名的区别，国际病毒分类委员会表示，国际病毒分类委员会（ICTV）关注的是病毒门类（virus taxa）的命名（即种、属、科等），而不是病毒常用名称或疾病名称的命名。
国际病毒分类委员会还提到，“对于一种新的病毒性疾病的爆发，三个名字有待决定：疾病（the disease）、病毒（the virus）和物种（the species）。世界卫生组织（WHO）负责其一，专家病毒学家负责其二，国际病毒分类委员会（ICTV）负责其三。”
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