通气搅拌发酵罐：要求通气流量较大，搅拌转速较高，罐内有档板、上中下层通气管道、氧气通气管道等结构，以仅可能的增加培养过程中的溶氧。
厌氧发酵罐不能有溶氧，所以不需要高速的搅拌（搅拌仅起混匀的作用），不用大量通气，或通气为氮气等，发酵罐内也不需要档板等增加溶氧的结构。
通气搅拌发酵罐优点：适用性强，保证氧气的供应，通入的是无菌的氧气，减少杂菌的污染。
通气搅拌发酵罐缺点：成本较高。
厌氧发酵罐的优点：无搅拌装置，借助培养液的密度差完成液体的循环节能和降低了设备成本。
厌氧发酵罐的缺点：不适合黏度较大或者含有大量固体的培养液中应用。
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