中国农业科学院哈尔滨兽医研究所（Harbin Veterinary Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences）是新中国建立最早的兽医科研单位，始建于1948年6月，是中国农业科学院所属的国家级专业研究所之一。
中国农业科学院哈尔滨兽医研究所的主要任务和发展目标是：承担动物传染病防治相关领域全局性、基础性、关键性、方向性的重大科技项目，解决与其相关领域的重大科学问题，推动动物疫病防控研究的理论创新和技术进步，为养殖业健康发展和公共卫生安全提供源头创新、技术支撑和决策咨询。
根据2017年10月研究所官网显示，中国农业科学院哈尔滨兽医研究所由4个区域构成，分别坐落在哈尔滨市的江南、江北4个建成区内，总占地面积190余万平方米；人员编制566人，其中高级职称人员111人；有博士后流动站2个，一级学科博士点1个，二级学科博士点1个，二级学科硕士点1个；在读研究生270人。
哈兽研的前身是东北行政委员会家畜防治所。
1949年改名为东北人民政府农业部兽医研究所。
1957年划归刚组建的中国农业科学院领导，定名为中国农业科学院兽医研究所。
1960年5月25日，由哈兽研创办的“中国农业科学院兽医学院”正式成立。7月1日，兽医学院面向各省、市、自治区农牧厅和院属各畜牧兽医单位招生。 [3]
1961年5月21日至6月12日，中共中央在北京召开工作会议。因国家粮食问题形势严峻，中央作出大幅度精减城镇人口的重大决策。8月1日，根据中央精减机构压缩城镇人口的指示以及国务院和农业部领导的决定，兽医学院停办，学员返回保送单位。 [3]
1965年更名为中国农业科学院哈尔滨兽医研究所。
2004年和2005年，中国两次发生了H5亚型高致病性禽流感疫情，哈尔滨兽医研究所依靠近二十年的技术储备研究，先后提供了具有自主知识产权的多项成熟技术和系列高效实用疫苗产品，解决了不同禽种的有效免疫问题，为有效防止疫情大范围暴发流行作出重要贡献。 [4]
2005年10月18日，荷兰首席兽医官PETER DE LEEUW先生、荷兰莱利斯塔德研究所动物疫病控制中心国家参考实验室VAN ZIJDERVEKD 博士，荷兰驻中国大使馆农业参赞HENK VAN DUJIN先生以及荷兰驻中国大使馆农业参赞助理王永锋先生一行在农业部国际合作司的协调与安排下，对中国农业科学院哈尔滨兽医研究所进行了友好访问。 [5]
2006年加挂中国动物卫生与流行病学中心哈尔滨分中心。 [1]
2006年8月30日，世界卫生组织（WHO）专家Mike Perdue博士、Hiroshi Kida博士及世界粮农组织（FAO）官员Juan Lubroth博士、Guo Fusheng博士对中国农业科学院哈尔滨兽医研究所进行了为期三天的参观访问。农业部动物流感重点开放实验室陈化兰主任等相关专家与来宾进行了友好的学术交流，就青海野生鸟以及新疆家禽的流感研究进展进行了深入的探讨，并与来宾共同讨论了全球公共卫生领域WHO和FAO专家与国内专家的合作计划，以及国际技术援助的优先区域划分等问题。 [6]
2012年1月12-14日，由中国农业科学院哈尔滨兽医研究所主持承担的公益性行业（农业）科研专项“新型动物疫病诊断技术应用研究”启动会在哈尔滨召开。 [7]
2015年7月，经农业部、中国农业科学院党组研究决定，中国农科院研究生院在全院“院所结合两段式培养”模式的整体框架内，依托中国农业科学院哈尔滨兽医研究所，成立中国农业科学院研究生院兽医学院。
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