得到的基因组在进行常规下游实验如PCR、酶切、分子杂交等生物学实验时如不能顺利进行，主要原因为DNA 样品不纯，含有蛋白、有机溶剂和盐类等杂质影响内切酶或DNA 聚合酶的活性：
1 ) 样品过多导致细胞裂解不充分：
裂解液不能有效与样品混合，导致裂解不彻底，残留大量蛋白、多糖、脂类等杂质，为后继的上吸附柱分离纯化造成影响。
2 ) DNA 洗脱前，有大量乙醇残留：
有机溶剂乙醇可严重的抑制内切酶、DNA聚合酶的活性，而在DNA过柱洗涤过程中均使用含有乙醇的去蛋白液和漂洗液，因此在洗脱 DNA前，一定要充分去除残留的乙醇，再加洗脱液。
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