流动相就比如人体的血液，其质量直接影响到整个系统的正常运行与否。
应该使用HPLC级的溶剂，不能互相混溶的溶剂不可以直接切换!一般在水相和与其不混溶的溶剂切换时，使用异丙醇作为过渡溶剂。
注意溶剂的截止波长。截止波长是指该溶剂可以在紫外检测器中使用的最低波长，低于该波长后，溶剂会有很强的紫外吸收，从而影响极限的稳定性、干扰对所分析物质的检测。
HPLC所使用的水必须是新鲜的和经过0.45μm滤膜过滤过的。建议每天更换新鲜的水。长期不用时，必须把使用水的管路用有机溶剂置换，防止长霉。
仪器使用完后要采用适当的溶剂冲洗等方法维护色谱柱和系统。如果使用了缓冲盐一定先将盐要冲洗干净。
仪器长期不用时，不建议使用纯乙腈封存。因为乙腈有生成聚合物的趋势。建议使用甲醇、甲醇/水或乙腈/水封存。
当有流路堵塞时，可以尝试将之反接后冲洗。污染的溶剂或溶剂瓶里的藻类生长将会缩短溶剂过滤器的使用寿命，并且影响泵和系统的的性能。这在水溶剂或磷酸盐缓冲液(pH 4 至7) 中尤其如此。
(1)过滤器
检查溶剂过滤器
查看过滤器是否变色(尤其是盛放水相的溶剂瓶)–拧开脱气机出口或比例阀入口管线，此时溶剂会因为重力流出。当脱气机或溶剂过滤头堵塞时，溶剂会流出不畅或不流出–临时取下过滤器，检查柱前压力是否正常。
清洁溶剂过滤器
将堵塞的溶剂过滤器从瓶头组件中拿下，用水冲洗残留之溶剂，然后将过滤器放在装有浓硝酸(35%左右)的烧杯里浸一小时。用二次蒸馏水彻底冲洗过滤器至水为中性可以把过滤器放在塑料烧杯内超声清洗。但是不可使用玻璃器皿将过滤器重新装好。
建议：
定期清洗溶剂过滤器及溶剂瓶(可以高温灭菌)，每三个月至少清洗一次。
(2)泵的使用要点
将装有溶剂瓶的溶剂箱放在泵上面或较高处。当在四元泵上使用盐溶液或有机溶剂时，建议将盐溶液接在下面的梯度阀口上，将有机溶剂接在上面的梯度阀口上，有机溶剂通道最好在水或盐溶液通道的正上面。建议用水定期冲洗所有MCGV通道除去可能在阀口析出的盐结晶。
操作泵之前，用至少两个体积(标准脱气机30mL，对微脱气机10mL)冲洗真空脱气机，特别是当泵关闭了一段时间后(例如，过夜)，以及在通道中使用挥发性混合溶剂时，防止溶剂瓶内的玻璃滤头(过滤器)堵塞及长菌，当滤头表面有黑色或黄色污染层说明发生了堵塞，应立即清洗或更换。
定期检查排液阀的过滤白头。检查方法：拧开排液阀，以水作流动相。
对于标准脱气机(G1322A)，流速5mL/min水，若压力大于10bar，则建议更换。
对于微量脱气机(G1379A)，流速2mL/min水，若压力大于5bar，则建议更换。
当使用低流速时，检查所有1/16英寸接头有无渗漏(用压力测试或漏液测试。每当更换泵密封垫时排液阀虑芯也应更换。
更换活塞密封垫时检查活塞杆上是否有划痕。有划痕的活塞将导致轻度渗漏，并降低密封垫的使用寿命。应尽早更换有划痕的活塞。
使用缓冲溶液时，关泵前先用水冲洗系统。当需要长时间使 用0.1摩尔或更高浓度的缓冲液时，最好选用密封垫清洗附件，以减少对密封垫及活塞杆的磨损。
如果使用了高浓度的缓冲盐，可以考虑用热水(50-60℃)来冲洗盐通道来确保没有缓冲盐残留在系统中。
更换活塞密封垫后应按照密封垫安装步骤对其进行磨合，但磨合不适用于正相密封垫。
当泵头安装有柱塞清洗附件时，由于该附件中也有密封垫，这样就会增加活塞杆运动时的阻力。所以开泵前一定要用10%异丙醇，并将其流速调至约2-3滴/分钟使溶液流过冲洗装置。(对于二元泵SL，如果不使用盐溶液可以不开)10%异丙醇有助于降低水的表面张力，并有抑菌作用。不要用其它溶剂代替。
当泵头安装有冲洗附件而不开启10%异丙醇，会使密封垫及活塞杆的寿命减短(二元泵SL除外)，泵头如果发出“吱吱”声不影响使用和泵的精度如果有必要，可以改变压缩因子(compressibility)来达到更好的效果。
(3)自动进样器
样品在进样前必须经过适当的预先处理，需要经过亚微米滤膜的过滤或者离心，防止样品中的微小颗粒堵塞管路，最好使用流动相作为溶剂配制样品，所用溶剂应该对样品有较好的溶解性。
针座是喇叭口朝上暴露在空气中的，有时空气中的较大灰尘颗粒可能恰好落在针座的流路内而引起针座的堵塞。这时候可以尝试卸下针座，将它接在泵的出口上反冲，一般能解决问题。
如果经常使用缓冲溶液，除了泵头之外，ALS计量泵的柱塞及密封圈，六通阀的转子密封圈和定子密封圈应该定期清洗，防止有盐的颗粒磨损ALS一定要使用Agilent的样品瓶及瓶盖;使用不兼容的或者加工精度差的样品瓶及瓶盖会引起ALS故障率的增加及性能的降低。
(4)DAD常见故障及原因
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