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主要因为是修饰单体稳定性较差，偶连时间长，效率低，最后得到的产量自然低于一般的引物。
修饰引物通常需要PAGE或HPLC纯化，纯化过程损失大。
修饰引物使用的原料是一般引物原料的几百倍，所以产品的价格也高。
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