发酵罐从碳钢制造到不锈钢制造的变化进程中，除了一次性发酵罐多采用磁力搅拌和部分部件采用一次性仪表，通气管从上部移到了侧部，并且将一次性袋子固定在容器中以外，其他控制部件的形式均与原来相同。
发酵控制的DCS系统除了采集、显示下位机的所有数据外，还能够修改和控制参数对象。早期发酵罐控制系统采用数据采集器，将模拟量信号分别采集，在模块中进行模数转换后，用计算机的232接口与上位机通讯。后期发酵罐控制系统是采用PLC与上位机通讯的方式，有的控制器上还采用SCADA系统，可以对现场的运行设备进行监视和控制，以实现数据采集、设备控制、测量、参数调节以及实现各类信号报警等各项功能。此外，还将PLC与通用监控软件MCGS组态软件应用到发酵类生物反应器控制系统中，可实时监控现场的环境参数和各执行部件的控制状态，能够满足不同的工艺要求，大大提高了系统的可靠性和灵活性。
发酵罐的结构比较复杂，对于内部的边边角角不容易消毒，一般的发酵罐有自动清洗装置，清洗完之后彻底灭菌。
在培养基灭菌之前，通常应先将与罐相连的分空气过滤器用蒸汽灭菌并用空气吹干。实罐灭菌时，先将输料管路内的污水放掉冲净，然后将配制好的培养基泵送至发酵罐（种子罐或料罐）内，同时开动搅拌器进行灭菌。灭菌前先将各排气阀打开，将蒸汽引入夹套或蛇管进行预热，待罐温升至80~90℃，将排气阀逐渐关小。接着将蒸汽从进气口、排料口、取样口直接通入罐中（如有冲视罐也同时进汽），使罐温上升到118~120℃，罐压维持在0.09~0.1Mpa（表压），并保持30min左右。各路进气要畅通，防止短路逆流，罐内液体翻动要激烈；各路排汽也要畅通，但排汽量不宜过大，以节约用气量。在保温阶段，凡进口在培养基液面以下的各管道及冲视镜管都应进汽；凡开口在液面之上者均应排汽。无论与罐连通的管路如何配制，在实消时均应遵循“不进则出”的原则。这样才能保证灭菌彻底，不留死角。保温结束后，依次关闭各排汽、进汽阀门，待罐内压力低于空气压力后，向罐内通入无菌空气，在夹套或蛇管中通冷却水降温，使培养基的温度降到所需的温度，进行下一步的发酵和培养。在引入无菌空气前，应注意罐压必须低于过滤器压力，否则物料将倒流入过滤器内，后果严重！灭菌时，总蒸汽管道压力要求不低于0.3~0.35Mpa，使用压力不低于0.2Mpa。
空罐灭菌（空消）即发酵罐罐体的灭菌。空消时一般维持罐压0.15~0.2Mpa，罐温125~130℃，保持30~45min；要求总蒸汽压力不低于0.3~0.35Mpa，使用汽压不低于0.25~0.3MPa。
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