设置关键残基对象：关键残基包括：A链的K339、H357、E361、K376和F404。由于该蛋白只有一条链，在使用命令选择残基时，可以不用指定链名。按照下图顺序，将关键残基设置为res对象。

2.3. 显示所需，隐藏多余

在PyMOL中输入以下命令：

然后，进行鼠标操作：

2.4. 绘制相互作用力

前面说过，命令行和鼠标的配合是很重要的。这里再简单讲讲鼠标的几个操作用法：

A） 拖动鼠标左键：按住右键，任意方向拖动鼠标，使视图转动；
B） 上下拖动鼠标右键：按住右键，上下拖动鼠标，使视图缩放；
C） 拖动鼠标中间滚轮：按住滚轮，任意方向拖动鼠标，使视图移动；
D）滚动鼠标中间滚轮：拉进或拉远镜头，使近处原子逐渐显示或隐藏。

我们参照平台给出的结合模式图（本文第二张图），通过下面的键鼠操作来绘制相互作用力。

绘制π-π堆积与盐桥作用

首先，确保鼠标模式（Mouse Mode）为Viewing状态，选择（Selecting）模式为Atoms状态（位置在PyMOL右下方）。然后，按照下面步骤操作：

然后，点击PyMOL菜单栏的Wizard -> Measurement，然后根据示意图点击刚才创建的小球，两两一组，便画出虚线（相应地，生成对象measure01~05）。

绘制其他作用力

采用相同的办法，把氢键和疏水作用也画出来。由于这些作用力的两端刚好落在原子上，因此，不用绘制小球。

2.5. 最后加工

为方便调整，也为图片规格符合要求（通常，出版社要求全版图片宽度≤2000像素，半版图片宽度≤1000像素，分辨率≥300 dpi），我们将PyMOL界面放大或靠边最大化，并将上半部分的对话框往上拉到最小，让视图最大。然后放大、摆动视图至合适的角度，使尽可能清晰地看到各关键细节。

基本的创建工作已经完成，接下来进行细致的修饰。

我们还可按下图步骤微调cartoon样式：

还可移动label的位置（设置Mouse Mode为Editing模式后，按住Ctrl键，用鼠标左键或右键拖动label；