4、 准备受体分子

与配体不同，受体分子通常是生物大分子，无法通过手绘准备。平台提供了其他输入方式。点击上传文件，选择刚才下载的4cb4.pdb文件，然后按提示进行下去。

通常来说，从PDB库下载的晶体结构文件里边包含了很多组分，不仅有（单条或多条）肽链，通常还有有机小分子和溶剂分子（水分子、金属离子）。如果下载的是NMR结构，还可能包含多个蛋白构象（称为model）。

在准备受体结构这一步，我们需要定义选用哪个模型（默认为1）、哪部分结构归为受体、哪部分为配体（将被提取出来用于口袋定位；若没有，可不定义）和其他杂质。在这里，我们选择A:PROTEIN为受体，A:MGT1484为配体，没有选上的部分将在后续处理中被程序删除。

5、 定义对接口袋

我们需要定义化合物D715-2441结合的大致区域——对接口袋。在上面的步骤中，我们提取了晶体结构中原先就存在的配体分子。通过文献了解到，它的结合位置就是D715-2441可能的结合区域。事实上，对该蛋白而言，也只有这里才靠谱。

通过选择文件方式，从弹出的文件列表选择MGT.pdb，点击显示盒子。稍等片刻，视图中将出现一个绿色盒子将MGT分子包围。我们需要保证的是，该盒子足够大，能够把口袋包围住。默认设置基本足够，必要时可增大小球范围（可能导致盒子扩大）。然后点击生成格点。这一步通常比较久，请耐心等待。然后，点击确定按钮。