科研人员在分析项目的过程中，碰到这样的问题：通过各种手段（选择清除分析、比较基因组学分析、转录组分析）获得的行驶某种功能的某基因，如果进行实验的验正呢？一般分为：基因上调（基因转染法）、基因下调（基因干扰法）后看蛋白表达水平、细胞功能改变、在体动物模型中相关功能的变化等。
1、 RNA 干扰技术
RNA干扰（RNA interference, RNAi）是指在进化过程中高度保守的、由双链RNA（double-stranded RNA，dsRNA）诱发的、同源mRNA高效特异性降解的现象。由于使用RNAi技术可以特异性剔除或关闭特定基因的表达，所以该技术已被广泛用于探索基因功能和传染性疾病及恶性肿瘤的治疗领域。
简单的说如果某基因行驶控制花色为红的功能（举例），我们利用RNA干扰技术将这个基因转录的mRNA 降解掉，然后看花色的变化，如果不为红，说明这个基因的确有这个作用。
2、 基因敲除技术
基因敲除是自80年代末以来发展起来的一种新型分子生物学技术，是通过一定的途径使机体特定的基因失活或缺失的技术。通常意义上的基因敲除主要是应用DNA同源重组原理，用设计的同源片段替代靶基因片段，从而达到基因敲除的目的。随着基因敲除技术的发展，除了同源重组外，新的原理和技术也逐渐被应用，比较成功的有基因的插入突变和iRNA，它们同样可以达到基因敲除的目的。
3、 酵母双杂交
酵母双杂交系统是将待研究的两种蛋白质的基因分别克隆到酵母表达质粒的转录激活因子（如GAL4等）的DNA结合结构域基因和转录激活因子（如GAL4等）激活结构域基因，构建成融合表达载体，从表达产物分析两种蛋白质相互作用的系统。
由于蛋白质直接互作是蛋白质发挥调控作用的重要方式，如果要研究某个基因行驶某功能，可以将这个基因和靶基因都整合到酵母中进行互作研究，从而分析其功能。
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