微小卫星DNA主要是指广泛存在于高等动物、低等动物基因组中长度100～500 bp多态性的DNA序列且微小卫星DNA核心序列仅仅是2～5bp,其也称为短串联重复(STR)，使用微流控芯片检测可以积极克服传统的垂直板凝胶电泳背景模糊、费时费力、误差较大等，但是也有相对不稳定的部分缺点，微流控芯片检测应用的范围非常广阔例如脆性X综合征(FraX)精氨酸编码的CGG STR序列、造血干细胞移植(HSCT)后可变数量串联重复序列(VNTR)、法医鉴定所需的多重扩增STR基因座(DYS390、DYS393、DYS439)等，这与通过STR来分析识别微流控芯片系统的快速化(3 h)、模块化、集成化(同时检测17个STR)的积极优势有一定关系。国外法医学资料研究显示，微流控芯片可以通过检测微小卫星DNA来进行法医筛选和基因分型，尤其是可以快速对那些在爆炸或恐怖事件附近被拘留的嫌犯、企图非法出入境的被拘留者、大规模灾害的受害者等人群，可见微小卫星DNA快速筛查就显得尤为重要，使用改进的Agilent 2100生物分析仪可以在80 s内检测6个微小卫星DNA，且精确度为0.09～0.21 bp、分辨率值为2.5～4.1 bp，可见微流控芯片检测微小卫星DNA具有快速化、准确化、高效化等基本特点。