应有良好的光学性质；其性质容易被加工；分析环境下是惰性等。
聚合物材料应有良好的光学性质：
能透过可见光与紫外光，入射光不能产生显著的背景信号。例如使用激光荧光法检测时，要注意芯片材料的本底荧光要尽量低。使用高本底荧光的芯片材料会引起信噪比降低和检测下限升高。
聚合物材料应容易被加工：
不同的加工方法对聚合物材料的可加工性有不同的要求。例如，用激光烧蚀法加工芯片时，聚合物材料应能吸收激光辐射，并在激光照射下降解成气体。热压法加工时要求芯片材料具有热塑性。而模塑法用的高分子材料应具有低黏度，低固化温度，在重力作用下，可充满模具上的微通道和凹槽等处。
在所采用的分析条件下材料应是惰性的：
有机聚合物能溶于某些有机溶剂中，例如聚甲基丙烯酸甲酯（PMMA）的微结构在乙腈中会发生溶胀、塌陷甚至堵塞等现象，而它对高浓度的甲醇则是惰性的。因此选择聚合物材料时要考虑芯片材料和可能使用的有机溶剂间的相容性。
材料应有良好电绝缘性和热性能：
微芯片在分析时如用到电泳分离，材料应有良好的电绝缘性以避免材料被高压击穿或变形。散热性能好的材料有利于焦耳热的散发。
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