微流控芯片的基本结构是比较简单的，就是在几十个平方厘米的基板上加工出微通道，然后将盖片和基片键合到一起，以形成封闭的微流体通道。根据芯片上的通道个数，可以将其分为单通道和多通道两类微流控芯片。
单通道的微流控芯片，一般有1个储液池(包括1个缓冲溶液池、1个样品池和1个样品废液池和1个废液池)，以及连接各池之间的微沟道。电泳芯片分离微通道的网络形状主要有直线型、螺旋形、多边形、弯曲形等，其中直线形结构简单、分离效率高，适合于较长的分离通道。
多通道的微流控芯片也称为集成毛细管电泳芯片。多通道的微流控芯片是指在1个芯片上制出多个微通道，这样便可以在同一片芯片上同时并行处理不同或相同的样品，从而提高了芯片通量，正逐渐成为微流控芯片的一种发展趋势。Woolley等人制备出一种具有12个通道的电泳芯片，12个微通道及两个用于光学校准的沟道分布在50mm×75mm的玻璃芯片上，可在160s内并行分析12种不同的样品。
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