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立式高速冷冻离心机分离细胞时要注意分离方法的选择。由于离心管的长度有限，每种细胞在离心力场作用下移动的有效距离很短，不可能使所有细胞一次性完全分离。在分离的初期应使用分辨率较差，但能回收所有细胞的方法，若开始就使用高分辨率的方法，所需成分可能随着理化性质相近的杂质一起被丢弃。
在分离过程中，应尽量减少步骤，注意保持细胞结构的完整性和活性，防止在分离过程中功能的丧失，也要减少污染，注意离心方法的有效性。
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