大多数分析和小规模制备生物大分子是台式冷冻水平转子离心机，它能产生强大的离心力，生物大分子在水平转子的离心管中有较长的沉降路径，壁效应较小，可使生物大分子获得分离。为获得zui佳分辨率，样品体积不应超过梯度体积的3%，梯度上的样品区带应该非常窄。
离心管尺寸和转速不同，分离效果不同。小剂量样品可用细长型离心管，大容量样品可用粗短型离心管，它们都可使样品区带尽可能窄。然而，为了提高分辨率一味增加生物大分子的沉降路径，会使离心时间延长。在此过程中，有些蛋白质会失去活性。随着沉降时间的延长引起的扩散，会导致区带变宽。
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