CCD系统芯片扫描仪有三种即它激式荧光检测、化学荧光检测和对用同位素曝光的胶片进行检测，本文主要以它激式荧光检测芯片扫描仪为例来介绍。该仪器适用于化学自发光、多种激发荧光等生物芯片弱光样片的检测和分析。主要由冷却型科学零级CCD、光学物镜、氙灯光源、均匀照明系统、暗箱、电机驱动选择的发射窄带干涉滤光片和激发窄带干涉滤光片、图像采集卡等部分组成。
工作时，用均匀化处理的特殊波长的光去激发生物芯片上的荧光，经窄带干涉滤光片去除其他波长的光，降低检测背景。生物芯片上标记有荧光染料的靶分子在单色光激发下产生荧光，再经发射窄带干涉滤光片由摄像镜头捕获，成像在CCD相面上，再传至图像采集卡，将信号转化成数字信号进行处理。
CCD芯片扫描仪的成像范围为36mm×28mm，空间分辨率达30μm，可检测多种荧光如cy2，cy3，cy5，Cy5.5，FITC，Texas，Red等。同时，该仪器还设有芯片架，可放24片芯片。
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