3．数据分析

3.1 MS2 定量方法

原始文件（raw file）使用Proteome Discoverer 1.4 软件搜索Uniprot_mouse.fasta 数据库( 数据库编号10090)，检索结果通过严格标准进行筛选（1% FDR）。

3.1.1 鉴定结果汇总

Distribution of Protein Group Identified and QuantifiedUsing MS2 Quantitation Method among 16 Samples

Distribution of Peptide and Unique Peptide Identified Using MS2 Quantitation Method among 16 Samples

由上述表格以及柱状图可以看出，在16h 小时的时间内，一共鉴定到了3022 个蛋白质，其中有2994 个蛋白质有定量信息（即131/127,130/127 均有定量结果），显示了Orbitrap Fusion 优异的定性与定量能力。

3.2 MS3 定量方法

原始文件（raw file）使用Proteome Discoverer 1.4 软件搜索Uniprot_mouse.fasta 数据库( 数据库编号10090)，检索结果通过严格标准进行筛选（1% FDR）。

3.2.1 鉴定结果汇总