蛋白A (Protein A) 是金黄色葡萄球菌的一个株系的细胞壁蛋白，它通过Fc区与哺乳动物的IgG结合，天然的启维益成提供的Protein A，42kDa，含有四个Ig Fc结合位点，其中2个是有活性的，而用于纯化抗体的，一般是重组的protein A，含有4个Ig Fc区域结合位点。
蛋白A作为亲和配基被偶联到琼脂糖基质上即蛋白A琼脂糖（protein A agarose），可以特异性的和样品中的抗体分子结合，而使其他杂蛋白不结合，具有极高的选择性。1个蛋白A分子至少可以结合2个IgG。启维益成提供的天然蛋白A 和重组的蛋白A对于IgG的Fc段有着相似的特异结合。但重组的蛋白A经改造后含有一个C末端半胱氨酸，可以单一位点偶联于琼脂糖上，降低了空间位阻，增加了与抗体的结合能力。蛋白A与IgG的结合强度很大成度上依赖于该抗体的种属和亚型，启维益成提供的蛋白A琼脂糖常用于免疫沉淀鼠 IgG2a, IgG2b, IgA, 兔 IgG, 以及人的 IgG1, IgG2和IgG4几种抗体。
蛋白G是一种源自链球菌G族的细胞壁蛋白，分子量25kDa，为三型Fc受体。蛋白G可以与IgG的Fc 区域特异性结合，与Protein A相比对IgG具有更好的结合能力，血清蛋白结合水平更低，纯度更高，配基脱落也相对更低。重组蛋白G已经除去了与白蛋白及细胞表面结合位点，减少了交叉反应和非特异性结合。因此，它比天然蛋白G和蛋白A有更大的亲和力。
蛋白G作为亲和配基被偶联到琼脂糖基质上即蛋白G琼脂糖（protein G agarose），可以特异性的和样品中的抗体分子结合，Protein G能结合所有的人和鼠的IGG抗体亚型，包括鼠的IGG1。Protein G也可以与小鼠的IGG2a和IGG2b结合，而Protein A则不能。
Protein L是从马格努斯消化链球菌分离出来的能和免疫球蛋白特异性结合的蛋白质，分子量36Kd，与蛋白A和蛋白G结合到（抗体）的Fc区不同的是，蛋白L通过轻链相互作用结合的抗体。因为重链的任何部分都不会参与结合相互作用，蛋白L结合更宽范围的抗体类大于蛋白A或G蛋白L结合所有抗体类，包括IgG，IgM，IgA的，IgE和IgD的代表。尽管有很宽的结合范围内，蛋白质L不是一个通用的抗体结合蛋白。 L蛋白结合仅限于那些含有κ轻链的抗体，在人类和小鼠抗体，抗体分子除了包含κ轻链，其余有ι轻链。例如，它结合人VκI，VκIII和VκIV亚型但不结合VκII亚型。
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