RNA实验和方案新手必读（八）

E. coli

16S 
23S

1.5 
2.9

S. cerevisiae

18S 
26S

2.0 
3.8

小鼠

18S 
28S

1.9 
4.7

人

18S 
28S

1.9 
5.0

变性凝胶分析的原理

利用RNA在甲醛琼脂糖凝胶中的电荷迁移效应，可对RNA进行分离和鉴定。RNA不像DNA，它们具有复杂的二级结构，因此需使用变性凝胶。凝胶中的甲醛能够破坏RNA的二级结构，从而使得RNA分子严格按照电荷迁移的方式得到有效分离。

在电场中，主链磷酸基团上所携带的负电荷使核酸分子向阳极移动。变性的RNA分子的迁移速率取决于它们的尺寸大小；不过片段大小与迁移速率之间并非线性相关，因为更大的片段会遇到更大的摩擦阻力，在凝胶中移动更为困难。

琼脂糖凝胶分析是最为常用的RNA分析方法，通常依据RNA的大小相应选择合适分辨范围的琼脂糖凝胶。小的RNA片段，如tRNA或5S rRNA，可以使用聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分析。可查阅分子生物学手册（2,4）以获得关于各类分析胶的详细信息。本节将针对甲醛琼脂糖凝胶电泳进行介绍。

制备用于RNA分析的甲醛琼脂糖凝胶

下列甲醛琼脂糖（FA）凝胶电泳方案能够提高凝胶分离及后续检测（例如RNA印迹）的灵敏度。本方案的关键特点在于使用了浓缩的RNA上样缓冲液，从而（相比传统实验方案）能够向凝胶中载入更大量的RNA样本。

琼脂糖

用于制备凝胶的琼脂糖是针对所分离RNA片段的大小来确定浓度范围的。对于大多数的目的RNA种类来说，使用1.0–1.2%（质量体积比）的琼脂糖浓度可获得最佳结果。对于较大的mRNA种类，降低琼脂糖浓度可能会有所帮助。如需分离更小的mRNA，琼脂糖浓度可提高至2%。对于较小的RNA种类，如tRNA或rRNA，则推荐使用聚丙烯酰胺凝胶电泳。

请使用超纯琼脂糖，因为如多糖类、盐类和蛋白一类的杂质都会对RNA的迁移造成影响。

小贴士：某些电泳槽的塑料不耐乙醇。请对此适当留意，并核对厂商的说明书。
Total RNA-甲醛琼脂糖凝胶

每个泳道10ug RNA