1. 多肽如何运输和保存？
冻干粉形式的多肽合成可在常温下密封运输，但溶解状态的多肽不宜长期保存。为了长时间保存多肽，建议以冻干粉形式置于含干燥剂的密封容器内，可在-20°C（-80°C效果更好）保存数年，同时避免了细菌降解和氧化，也可以避免二级结构的形成。
多肽合成往往容易吸潮，因此建议在称取时操作迅速，并将剩余多肽密闭储存在-20°C或更低温度。与其他多肽相比，含有半胱氨酸、蛋氨酸、色氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺和谷氨酸N -末端的多肽保存期更短。
2. 多肽如何溶解？
多肽合成的溶解性很大程度上取决于多肽极性。酸性的多肽溶解于碱性溶剂，而碱性多肽可溶解于酸性溶剂，含大量不带电荷的极性氨基酸残基或疏水性氨基酸的疏水性多肽和中性多肽可先溶解于少量有机溶剂中，如DMSO、DMF、醋酸、乙腈、甲醇、丙醇或异丙醇，然后加水（蒸馏水）稀释。含有甲硫氨酸或半胱氨酸的多肽不能用DMSO溶解，因为DMSO可能造成侧链氧化。
多肽合成请尽量以冻干粉形式保存在-20°C（-80°C更佳），但如要保存溶解好的多肽，请注意分装成小样存放，以避免反复冻融。每份样品融冻后未用完应扔掉。细菌降解有时会成为溶液肽的麻烦，所以请将肽溶于无菌水或直接将多肽肽溶液过滤除菌（0.22 uM）。
3.何谓多肽的纯度？
多肽的纯度是指HPLC法在214nm波长处检测到的目标多肽的含量(214nm是肽链的吸收波长)，紫外分光光度计检测不到水和残留的盐。一般而言，纯化后的多肽包含的杂质多为序列被修改的多肽，比如：缺失序列（缺失了一个或多个氨基酸残基的靶序列），截断序列（加帽过程中产生的序列）脱保护不完全序列（产生于整个合成过程或最后的裂解过程）。
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