此外，TOIML还便于科学家将分析结果与其它组学数据关联，或为诸如EZinfo的独立统计软件包提供输入数据。下游生物信息学(即Umetrics软件)的结果可重新导入分析实验中，以将所有化合物数据合并为单个表格以供审查或分享。
图2. TOIML化合物鉴定页面。
图3. 镇痛标准品的归一化丰度分析。
在蛋白质组学实验中，分析了两个10 ng大肠杆菌样品的三个重复样，分别加入了牛血清白蛋白(BSA)、乙醇脱氢酶(ADH)，烯醇酶和糖原磷酸化酶B。第一个样品(混合物1)中的加标蛋白质的柱上进样量均为1飞摩尔，而第二个样品(混合物2)中的加标蛋白质柱上进样量分别为8、1、2和0.5飞摩尔。
因此，额定预期比值(混合物2:混合物1)应为8:1、1:1、2:1和0.5:1。在本研究中，使用nanoAC-QUITY UPLC系统结合Xevo G2-S QTof，在LC/MSE采集模式下对肽进行分离和分析。采用用于蛋白组学的TransOmics (TOIP)以及含有加标蛋白质序列信息的种属特异性数据库进行处理、搜索和定量。
TOIP流程包括以下步骤：
1. 导入原始的MSE连续数据集(每个样品有三个技术重复样)
2. 峰对齐，纠正不同分析运行间的保留时间偏移
3. 色谱峰归一化，以便在不同样品运行间进行比较
4. 色谱峰检测(峰选择)
5. 利用集成数据库搜索算法鉴定蛋白质和肽
6. 多变量统计分析
7. 绝对和相对定量
TOIP提供了与TOIML相同的多变量分析工具。图4显示了所检测特征的PCA示例，即电荷态组。可明显看出，特征主要聚集在技术重复水平。其中一种加标蛋白质消化物的肽定性鉴定结果示于图5中，该蛋白质中鉴定出的所有肽的归一化表达谱如图6所示。对后者的定量精确度类型进行了确证，此类型可通过无标记MS研究及基于LC/MSE的采集策略获得。
图5显示了差异加标样品中一个分析物的LC/MSE采集的定性结果概览。在本例中，BAS的柱上进样量为8 fmol，而大肠杆菌消化物的量为10 ng。结果如图6所示，展示了相关的相对定量结果。
图4. 大肠杆菌中加入的混合物1(深蓝色)和混合物2(浅蓝色)的特征(电荷态组)PCA图。
图5. 大肠杆菌中加入的不同浓度牛血清白蛋白肽的定性LC/MSE鉴定结果。顺时针显示的依次是鉴定相关指标(得分和误差)、具体的轮廓线图以及标注的产物离子谱图。
图6. 牛血清白蛋白中鉴定出的肽的定量分析。
结论
■TransOmics信息学软件为多组学研究提供了一个简单易用、可扩展的系统
■UPLC/MSE(LC结合数据独立型采集MS)可在单次实验中提供全面的定性和定量数据集
■通过代谢物、脂质和蛋白质分析可快速获取补充信息并进行关联
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