氨基酸分析仪是对蛋白质水解液及各种游离氨基酸的组分含量进行分析的仪器。根据目前存在的氨基酸分析比较而言，氨基酸分析仪在分离度、重现性、操作简便性、运行成本等方面，都优于其他分析方法。
氨基酸分析仪的原理：
氨基酸分析仪采用经典的阳离子交换色谱分离、茚三酮柱后衍生法，对蛋白质水解液及各种游离氨基酸的组分含量进行分析。仪器基本结构同普通HPLC相似，但针对氨基酸分析进行了细节优化。
通常细分为两种系统：蛋白水解分析系统（钠盐系统）和游离氨基酸分析系统（锂盐系统），利用不同浓度和pH值的柠檬酸钠或柠檬酸锂进行梯度洗脱。其中钠盐系统一次最多分析约25种氨基酸，速度较快，基线平直度好；锂盐系统一次最多分析约50种氨基酸，速度较慢，基线一般不如钠盐系统好。
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