摘 要:RFLP是随着生物技术若干领域的发展而产生的一种分子标记技术, 用该技术可作出 植物的RFLP图谱,并应用于植物遗传和育种研究。本文简单的对RFLP技术的基本原理、技术 步骤及其优缺点作了简单的概况。
关键词: RFLP;作物研究;应用
中图分类号: S5.032 文献标识码:A 文章编号: 1008-7508( 2007)03-0105-03
一、基本原理
限制性核酸内切酶(restriction end nuclease)能够识别DNA双链上特异的碱基序列并能 将之切断。不同的限制性核酸内切酶有各自特异的识别序列。在同源染色体相应的DNA区段 ,用一种限制性核酸内切酶消化,由于碱基组成不同,就会产生不同长度的酶切片段,然后 用标记好的相应的DNA探针与这些片段杂交,显示出的图谱就可以反映出基因组DNA碱基序列 组 成是否存在差异。这一技术的基础是通过限制性核酸内切酶切片段长度多态性来揭示DNA碱 基序 列组成的异同,因而称为限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorp hism,缩写为RFLP)技术。
二、RFLP技术的基本步骤
这一技术主要包括三大步骤:
1、靶DNA的准备 先将基因组DNA抽提出来,选用合适的限制性核酸内切酶酶解基因组DNA, 将酶解出来的具有各种长度的DNA片段在琼脂糖凝胶电泳分离,使其按片段的长短排列,将D NA片段变性后转移至硝酸纤维膜或尼龙膜上,称印迹(Southernb1ot)转移,并在80℃烘烤 或用长波紫外线照射,将DNA固定在膜上。
2、核酸探针的标记 将准备作为探针的DNA片段纯化(这些DNA片段可以是基因组DNA的 一个片段,或是cDNA,或是人工合成的寡核苷酸),用放射性元素(如α-32p)或非放射 性元素(如Dig-dUTP等)标记,经纯化后再用。
3、杂交显示 将标记好的探针与硝酸纤维膜或尼龙膜上的单链核酸杂交,洗膜去除未杂交 的标记探针后,进行放射自显影或加入酶的底物进行显色反应,再对显示出来的谱带进行分 析。
三、RFLP技术的优点及注意的问题
1、RFLP技术的优点
第一,标记数目可以是无限的:RFLP揭示的是DNA水平自然变异,其数目几乎是无限的。
第二,大部分标记为共显性:表现RFLP的位点一般是单一序列,每个位点通常有两个等位基 因(其显性)。遵循孟德尔式遗传,因而RFLP标记图也可用传统的基因标图方法来构建。
第三,任何生育期都可预测,不受环境影响:DNA分子水平标记没有发育阶段或器官的特异 性,不受环境条件及基因互作的影响。
第四,高度变异性:每一植株都会有大量的多态性。通常只要有一次有性杂交,一个作图群 体就能构建一个较丰富的RFLP图谱。
2、在做RFLP分析技术时,有几个问题是需要引起密切注意:
第一,作为检测对象的DNA分子必须保持大分子,在抽提DNA的过程中避免人为地将DNA分子 机械性切割成小片段的DNA,否则最终显示的RFLP图谱可能是一种假象;
第二,在用限制性内切酶消化大分子DNA时,要使DNA被完全消化,否则所得的结果也不可靠 ;
第三,被消化的DNA浓度不能太高;
第四,电泳时要用低压电泳;
第五,杂交前探针必须充分变性;
第六,要根据探针标记的情况以及探针与靶DNA间序列互补的程度和G、C的含量来掌握杂交 和洗膜的条件;
第七,作放射自显影时,要根据杂交后膜上的放射活性等因素决定曝光的时间。