3．TMA：TMA是在恒温过程中特异性扩增RNA或DNA分子，反应过程需引物和两种酶：逆转录酶（RT）和RNA聚合酶。逆转录酶用来合成DNA，合成的DNA再被RNA聚合酶用来复制更多的RNA，这一过程可以循环进行。采用自动化扩增仪，TMA可以在15到30分钟内使目标序列扩增100亿倍。检测采用HPA方法。HPA使用可以和复制序列进行特异性杂交的吖啶酯标记探针。扩增后，一种“选择试剂”可以破坏掉未杂交探针上的吖啶酯，而已经杂交的探针上的吖啶酯不会受影响，这是因为杂交结构可以保护它。检测可采用发光仪。
表1.用于细菌检测的商品化直接NAT技术
NAT类型 技术 核酸 标记 生产商
杂交保护（HPA） rRNA 化学发光 Gen-Probe Inc
非靶扩增 固相捕获 rRNA 比色 BD
杂交捕获 DNA 化学发光 Digene Corp.
PCR DNA 比色 Roche
靶扩增 SDA DNA 荧光 BD
TMA rRNA 化学发光 Gen-Probe Inc
三、直接NATs与培养/免疫方法的比较
（一）、与其它常用微生物检测方法相比，直接NATs的优势主要有：
1． 检测时间短（1—6小时）。虽然这一检测时间与EIA相似，但较之培养所需的24—72小时甚至8周（如结核杆菌）而言，还是有很显著的改进。快速检测不仅可以使病人得到及时治疗，在某些情况下，还能提高公共卫生的安全性（如避免疾病的扩散）。
2． 高通量检测。一些直接NATs可以在同一个时间里进行几百个标本的检测，不仅省时、也降低了成本。自动化的直接NATs也大大减轻了工作负担。
3． 高灵敏度NAATs。NAATs理论上可以从每份标本中检出一个生物体，而其它方法如EIA的最低检测水平为每份标本1000个以上的生物体。NAATs的临床灵敏度一般在95%以上，与标准培养方法相等或更敏感，在某些标本中更是明显（如尿标本CT检测）。
4． 因为无须要求被检测标本中的微生物一定是存活的，所以直接NATs对标本的要求不高。与培养相比，直接NATs所用的标本可以放置更长时间。
（二）、直接NATs的潜在局限性主要有：
1． 一些第一代NAATs在某种情况下会因为扩增抑制作用而导致试剂灵敏度的降低（如采用尿标本检测CT）。这种抑制作用通常是标本-特异的，会引起假阴性结果。通过内在监控或扩增控制等方法可以控制这种抑制作用，也可以采用目标捕获等技术处理标本从而消除抑制作用。尽管有时会出现抑制作用，但大多数NAATs临床检测灵敏度仍然高于非扩增的直接NATs或EIA。
2． 标本之间复制序列的残留物污染对NAATs可能是一个问题，但不影响非扩增直接NATs。严格执行操作程序可以最大限度的减少残留物污染所带来的影响。
3． 目前FDA批准的NAATs不能用于检测耐药性。对于需要了解耐药情况的一些病例如结核诊断，需同时进行NAAT和培养。NAATs可以快速检定结核杆菌，使患者得到及时治疗；而培养可以确定诊断及细菌耐药情况。
4． NAATs的成本通常高于传统微生物和EIA检测方法。一个例外是CT培养，它一般很难进行，而且成本要高于NAATs。
四、用于细菌感染性疾病的直接NATs（表2）
表２. FDA批准的用于细菌感染性疾病的直接NATs
病名 病原体 生产商/试剂 检测技术 所用标本（FDA认可）
A群链球 A群链球菌 Gen-Probe/ HPA 咽拭子标本
菌性咽炎 GASDirect
Roche/ 呼吸道标本
AMPLICOR MTB PCR （涂片阳性）
肺结核 结核杆菌 Gen-Probe/ 呼吸道标本
宫颈内拭子标本
Gen-Probe, PACE 2 CT HPA 男性尿道拭子标本
眼结膜拭子标本
衣原体感染 沙眼衣原体 Digene,Hybrid Hybrid
Capture II CT Capture 宫颈内拭子标本
宫颈内拭子标本
Roche,AMPLICOR CT PCR 男性尿道拭子标本
男性和女性尿标本
宫颈内拭子标本
男性尿道拭子标本
Gen-Probe,APTIMA Combo 2 TMA 男性和女性尿标本
阴道拭子
Gen-Probe, PACE 2 GC HPA 宫颈内拭子标本
男性尿道拭子标本
Digene,Hybrid Hybrid
Capture II GC Capture 宫颈内拭子标本
宫颈内拭子标本
Roche,AMPLICOR GC PCR 男性尿道拭子标本
淋球菌感染 淋病奈瑟菌 男性尿液
宫颈内拭子标本
BDProbe Tec ET CT/GC SDA 男性尿道拭子标本
男性和女性尿标本
宫颈内拭子标本
Gen-Probe,APTIMA Combo 2 TMA 男性尿道拭子标本
男性和女性尿标本
阴道拭子
阴道加特纳菌、
阴道炎 阴道毛滴虫、 BD Affirm VPIII 固相 阴道拭子
念珠菌属 捕获
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