通常在线水质分析仪所需的主要维护便是对取样管路、取样舱进行清洁。
一般对这几处部件进行清洗的简单办法是采用增大阀门开度、提高样水流速的方法，或者打开在取样管路中加装的反冲洗管路的阀门也能对其进行清洗。
但对原水，模拟斜管、沉淀水仪表的取样舱进行清洗时，仅依靠这类方法是无法完成清洁的，更多的是需要对取样舱、探头进行直接清洗。
另外，在对某些型号的余氯仪进行维护时，因其取样舱里装有保持电极表面不被氧化的石英砂，所以还要注意取样舱中存余石英砂的数量。
此外，在整个清洁过程中，应注意操作规范，避免因情节操作不规范导致仪器出现损坏。
在对在线水质分析仪进行清洗时还应对清洗周期进行把握.根据不同情况下，多功能水质分析仪的实际情况进行定期清理，以避免因清洁不及时导致多功能水质分析仪的使用出现误差。
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