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低熔点琼脂糖凝胶中DNA的回收(有机溶剂抽提)

2020.8.10
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王辉

致力于为分析测试行业奉献终身

实验方法原理 羟乙基修饰的琼脂糖可降低链间的氢键数目,并可在比标准琼脂糖更低的温度下熔化和凝固。多糖链上这种替换发生的程度决定了琼脂糖熔化与凝结的确切温度。这 一特性构成了从凝胶中回收及操作 DNA 的基础(Wielander 1979; Parker and Seed, 1980)。

实验材料 DNA 样品

试剂、试剂盒 乙酸铵氯仿乙醇溴化乙锭或 SYBR Gold 染色液载样缓冲液LMT 洗脱缓冲液Tris-HClEDTA酚氯仿平衡饱和酚TAE 电泳缓冲液TE

仪器、耗材 低熔点琼脂糖制备凝胶Sorvall SS-3 或等同转子紫外灯水浴

实验步骤

一、材料


1. 缓冲液和溶液


乙酸铵(10 mol/L)


氯仿


乙醇


溴化乙锭或 SYBR Gold 染色液


6X 载样缓冲液


LMT 洗脱缓冲液(20 mmol/L Tris-HCl (pH 8.0),1 mmol/L EDTA (pH 8,0))


酚: 氯仿(1:1,V/V)


平衡饱和酚(pH 8.0)


1X TAE 电泳缓冲液


TE ( pH 8.0)


2. 凝胶


低熔点琼脂糖制备凝胶

 

3. 核酸和寡核苷酸


DNA 样品


4. 离心机及转子


Sorvall SS-3 或等同转子


5. 专用设备


手提式长波段(302 nm ) 紫外灯


预设温度 65℃ 的水浴


二、方法


1. 用 1X TAE 电泳缓冲液灌制一块含有适当浓度的低熔点琼脂糖凝胶。


所以选择 TAE 而非 TBE 有几个理由。主要是 TBE 中的硼酸盐离子能抑制连接反应,并能干扰从玻璃珠上洗脱下来的 DNA 片段的纯化。


2. 待凝胶冷却至室温后,将凝胶连同支撑用的玻璃板一起移至胶盒的水平表面上。


凝胶也可以放在冷室以保证凝胶充分凝固。


3. 将 DNA 样品与载样缓冲液混合,注入到加样孔中,以 3~6 V/cm 的电压进行电泳。


特定分子质量大小的 DNA 在低熔点琼脂糖凝胶中的泳动速度快于常规琼脂糖凝胶。正因为如此,低熔点琼脂糖所加电压应低于常规琼脂糖凝胶。


4. 如需要,用溴化乙锭或 SYBR Gold 染色液进行染色。用手提式长波(302 nm)紫外灯确定所需条带的确切位置。


5. 用一锋利的刀片或剃刀切下含目的条带的琼脂糖凝胶切片,转移至一个干净的一次性使用的塑料管里。


尽量使切出的琼脂糖切片体积最小,以减少抑制剂对 DNA 的污染量。


6. 切下条带后,进行拍照,从而获得切出条带的记录。


7. 加约 5 倍体积的 LMT 洗脱缓冲液至琼脂糖切片中。盖好管盖,于 65℃ 温育 5 min 熔化凝胶。


8. 待凝胶冷却至室温后,加等体积的平衡酚,将混合液混旋 20 s。在 20℃ 以 4000 g ( Sorvail SS-34 转子 5800 r/min ) 离心 10 min, 回收水相。


9. 再用等体积的酚: 氯仿、氯仿各抽提1次。


10. 水相转移至另一新的离心管中。加 0.2 倍体积的 10 mol/L 乙酸铵和 2 倍体积 4℃ 的无水乙醇。混合液在室温下放置 10 min。然后 4℃,5000 g ( Sorvall SS-34 转子相当于 6500 r/min) 离心 20 min, 沉淀回收 DNA。


11. 用 70% 乙醇清洗沉淀,并溶于适当体积的 TE ( pH 8.0)中。


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