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λ噬菌体臂的纯化(通过蔗糖密度梯度离心)实验

2020.8.10
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王辉

致力于为分析测试行业奉献终身

实验方法原理 与插入型载体不同,置换型载体的基因组含有中部的填充片段,为了容纳外源 DNA 片段,填充片段必须被去除。该过程一般被称为“λ 臂的制备”,包括用限制酶消化 λDNA 使两臂与填充片段分开以及随后的臂的纯化。

实验材料 λ 噬菌体 DNA

试剂、试剂盒 EDTA乙醇正丁醇乙酸钠蔗糖凝胶上样缓冲液TE

仪器、耗材 琼脂糖凝胶Beckman SW28 转子或相当型号透析袋皮下注射用针头宽口吸头蔗糖梯度水浴

实验步骤

一、材料


1. 缓冲液和溶液


EDTA ( 0.5 mol/L,pH 8.0)


乙醇


MgCI2 (1 mol/L)


正丁醇


乙酸钠(3 mol/L,pH 5.2)


蔗糖凝胶上样缓冲液


TE ( pH 7.6 和 pH 8.0)


2. 凝胶


琼脂糖凝胶(0.5% 和 0.7%),用 0.5XTBE,含 0.5 μg/ml 溴化乙锭


琼脂糖凝胶(0.5%,75 mm 厚),用 0.5XTBE,含 0.5 μg/ml 溴化乙锭


3. 核酸和寡核苷酸


λ 噬菌体 DNA


4. 离心机和转子


Beckman SW28 转子或相当型号,用清亮离心管,25 x 89 mm ( 如 Beckman SW28 离心管或相当型号)


5. 专用设备


透析袋,煮过(用于 DNA 的透析袋)


皮下注射用针头(21号)


宽口吸头(large-bore tip)


蔗糖梯度(制备两种蔗糖溶液,一种含 10% 蔗糖,另一种含 40% 蔗糖,均溶于含 1 mol/L NaCl、20 mol/L Tris-Cl(pH 8.0)、5 mol/L EDTA(pH 8.0)的缓冲液中。将这两种溶液均通过 0.22 μm 的硝酸纤维素膜以除菌。)


预置于 42℃ 和 68 ℃ 的水浴


二、方法


蔗糖梯度的制备


1. 在清亮的超速离心管中制备一个或多个 38 cm ( 10%~40%,m/V)蔗糖梯度,于 4℃ 静止 1~2 h 直到被使用(步骤 4)。


2. 消化和分析约 60 μg λ 噬菌体 DNA。用标准乙醇沉淀后,将 DNA 溶解于 TE(pH 7.6),浓度为 150 μg/ml。取一 0.2 μg 的组分留作电泳对照 ( 步骤 7)。




3. 加入 1 mol/L MgCl2 至终浓度 10 mmol/L,42℃ 温育 1 h,使 λ 噬菌体 DNA 的黏性末端复性。然后,取 0.2 μg 的组分经 0.7% 琼脂糖电泳以测定复性是否成功。


4. 对经复性和消化作用的 λ 噬菌体 DNA 来说,它们在每个梯度中的上样量不要超过 75 μg,体积应为 500 μl 或更小。


5. 将梯度于 15℃、120000 g(26000 r/min 于 Beckman SW28 转子中)离心 24 h。


6. 通过用 21 号针头刺穿离心管底收集 0.5 ml 组分。


7. 从收集的样品中每隔两管取两份 15 μl 的样品,加入 35 μl 水。再加入 8 μl 蔗糖凝胶上样缓冲液,其中一份 68℃ 加热 5 min,另一份则不处理。在一块比较厚的 0.5% 琼脂糖凝胶上分析所有样品,并用全长 λ 噬菌体 DNA 和步骤 2 中预留的消化 DNA 组分作分子质量标准。


8. 凝胶照相后,对含复性载体臂的组分进行定位并合并。


9. 将合并的样品置 1000 倍过量的 TE ( pH 8.0) 中,于 4℃ 透析 12~16 h,中间至少更换一次缓冲液。


10. 用正丁醇抽提透析样品数次,使样品体积降低至 3 ml 以下。


11. 用标准的乙醇沉淀回收透析 DNA。


12. 将 DNA 溶解于 TE ( pH 7.6)中,浓度为 300~500 μg/ml。


13. 用分光光度计测定 DNA 的浓度用 0.5% 琼脂糖凝胶电泳确定其纯度。分装成 1~5 μg 的小份,-20℃ 保存。


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