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从富含多糖的植物组织中提取和纯化 RNA

2020.8.11
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王辉

致力于为分析测试行业奉献终身

实验方法原理 硫氰酸胍能溶解细胞并使蛋白变性. 当用于抽提缓冲液时,可产生无 RNase 的环境□组织抽提后,以中等转速离心匀浆液,以除去小溶性多搪。用苯酚:氯仿将上清液抽提出,RNA 位于水相,DNA 和蛋白质位于苯酚相和两相交界面。用乙酸钾将位于水相的多糖选择件的沉淀出来,然后用氯化锂选择性地将 RNA 从残余的污染物中纯化出来。该方法成功地从多种在高浓度 CO2 环境中生长的植物中提取了叶片 RNA, 证明了该方法的有效性。

试剂、试剂盒 0.75mol L柠檬酸钠 N-月桂肌氨酸(N-lauroyl sarcosine) 硫氰酸胍缓冲液 抽提缓冲液 氯仿异戊醇 2mol L乙酸钠 酸性苯酚 异内醇 乙醇 2mol L乙酸钾 10mol L LiCl TNE缓冲液 TE缓冲液 液氮

仪器、耗材 研钵和研杵 离心机 玻璃 Pasteur 吸量管

实验步骤

一 材料与设备


1)0.75mol/L 柠檬酸钠,pH7.0(含柠檬酸), 用 0.1%DEPC 处理并高压灭菌


2)10%(m/V)N-月桂肌氨酸 (N-lauroyl sarcosine)


3) 硫氰酸胍缓冲液:用 293 ml 无菌去离子水,17.6 ml0.75mol/L 柠檬酸钠,26.4m 丨 10%N-十二醇肌氨酸钠,在厂家药瓶内于溶解 250 g 硫氰酸胍 (不用称重)


4) 抽提缓冲液:每 5 ml 硫氰酸胍缓冲液加 36ul 巯基乙醇。若被提取的组织中含多聚苯酚,抽提缓冲液中则可加入聚乙烯聚吡咯烷酮 (polyvinypoiypyrrolidone)(20%,m/m)


5) 氯仿:异戊醇 49:1(V/V)


6)2mol/L 乙酸钠,加乙酸至 pH4.0


7) 酸性苯酚:500 g 晶体苯酚溶于 500 mli 离子水中,50 ml 每份于-20℃ 保存,4℃ 可保存一个月


8) 异内醇


9)70% 和 100% 乙醇


10)2mol/L 乙酸钾,加冰乙酸至 pH4.8


11)10mol/L LiCl


12)TNE 缓冲液:10 mmol/LTris-HCl,PH7.5, 室温,15 mmol/L,NaCl,1 mmol/LEDTA


13)TE 缓冲液:l0 mmol/LTris-HCL PH7.5 1 mmol/LTEDTA


14) 研钵和研杵


15) 液氮


16) 离心机


17) 玻璃 Pasteur 吸量管,200℃ 干烤至少 3 h



二 操作方法


1) 在液氮中将 0.4 g 组织研磨为细粉末,勿让组织解冻


2) 在研磨过程中,加入 3.5 ml 抽提缓冲液,充分研磨。将匀浆转移到一个 10 ml 聚丙烯管=用 1 ml 抽提缓冲液冲洗研杵和研钵,然后移至聚丙烯管中。


3)23000 g,4℃, 离心 20mim


4) 用烤过的玻璃吸量管将 hS 悬浮液移入 l0 ml 聚丙烯管。


5) 加 0.4 ml2mol/L 乙酸钠,混匀。加 4 ml 苯酚,混勻。加 0.8 ml 氯仿:异戊醇,混匀。


6) 聚丙烯管置于冰上 15 min


7) 离心,方法如步骤 3)


8) 用烤过的玻璃吸量管将上层悬浮液移入 30 ml 聚丙烯管,加入同样容积的 2mol/L乙酸钾,混匀。


9) 聚丙烯管置于冰上至少 30 min


10)44000 g,4℃ 离心 20 min。


11) 将上清液移入 15 ml 聚内烯管,加 0.6〜1 倍体积的 100% 的预冷异丙醇,混匀,-20℃ 放置 45 min


12) 以 27OOOg,于 4℃ 离心 20 min


13) 轻轻倒出上清液,用 Iml70¾乙醇洗涤沉淀,如步骤 12 离心 3mim 尽可能将乙醇倒净。


14) 加人 400ulDEPC 水溶解沉淀,移至 1.5 ml 管中。


15) 加 100ul10mol/LLiCl, 放置至少 2 h。


16)12000 g,离心 20 min


17) 用 1 ml70% 乙醇洗涤沉淀两次


18) 加入 200ulTNE 重悬沉淀,再加 500ul100% 乙醇,-20°C 放置至少 15 min。


19) 如步骤 16 离心 5mim。


20) 用 lml70% 乙醇洗涤沉淀两次。


21) 加入 200〜400ulTE 重悬沉淀。


22) 将每个样本稀释 30〜50 倍,在 230mn、260mn、280nm 测量光吸收值。


注意事项


1) 最初的离心除去了大部分不溶性多聚糖,如淀粉颗粒。残余的组织在管的底部形成暗绿色沉淀 (若用的是叶子),不溶性多糖在残余组织上面形成灰白色胶状层


2) 当吸取上清液时,应十分小心,勿搅乱胶状沉淀,因为该层非常软。上清液的体积大约 4 ml,若因沉淀多面使液体体积明显不足时,用柚提缓冲液补足


3) 加人乙酸钾后,延长孵育时间(达 30 min) 会提高 RNA 的质景,尤其在出现蛋白污染时。多糖会形成灰白色胶状沉淀。若所用的组织多糖含量髙. 延 K 孵育时间(至 60 min) 也有助于沉淀更多的多糖


4) 加人异丙醇后,不应看到沉淀,任何可见的沉淀是表明大量多糖的存在. 孵育时间大于 60 min,就会形成多糖沉淀


5)RNA 沉淀应为白色,若有灰白色胶状沉淀则为多糖污染。遇到该情况,将沉淀再悬浮于 200ul TE, 加 1 倍体积的 2mol/L 乙酸钾,冰上孵育 30 min。12000 g,4°C 离心 20 min. 将上清液移至一新 1.5 ml 管中,用 2.5 倍体积的 100% 乙醇沉淀RNA,-20℃15 min。继续方法中的步骤 16)


6) 判断 RNA 分离的成功与否,可通过测量在 230nm、260nm、280mn 处的紫外吸收来评估 RNA 的产量和质量。若 A260/230 值小于 2, 则表明多糖和/或多聚苯酚污染;若A260/280 比值小于 1.7, 表明蛋白污染,在琼脂糖凝胶匕出现的 28S 和 18S rRNA,可用以评 估 RNA 的完整性


7) 该法提取的 RNA 适于 poly(A)+ 的分离,Northern 印迹分析,cDNA 分析,RT-PCR 扩增。


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