数码显微镜是传统普通光学显微镜与数码技术融合的显微镜系统。根据数据显示方式不同可分为两大类：自带屏幕数码显微镜和采用计算机显示的数码显微镜。自带屏幕数码显微镜，又可分为三类，1.台式数码显微镜；2.便携式数码显微镜；3.无线数码显微镜；台式数码显微镜的主要特点是放大倍率相对较高，可以与电子显微镜媲美；便携式数码显微镜追求的是随处可显微，讲究小巧；无线显微镜其应用的是2.4G无线传输，追求快捷方便。采用计算机显示的数码显微镜通过显微镜内置或外置的摄像头将显微镜看到的被检物体图像传输到计算机上，通过计算机上安装的显微图像分析软件进行追踪分析，从而获得一系列有价值的定性定量数据。主要用于微生物鉴定、细胞形态检查、尿液有形成份分析、纤维细度检测等方面。具有全自动扫描、图像分析功能强、拓展性强等诸多特点。
显微镜摄像头，也叫显微镜相机、搭配专用软件也被称为显微图像分析系统。其是指专门针对显微镜开发的一种输入设备，用于和显微镜结合来获取显微镜成像图像的光学仪器。通过专用的适配器安放在显微镜的三目筒上，并由数据接口与成像设备相连，实现在成像设备中实时显示样品图片的目的。
按照所使用的图像传感器来分显微镜摄像头可分为CCD摄像头和CMOS摄像头（数字摄像头和模拟摄像头）2种。由于显微镜摄像头是一种专门针对微观世界领域的成像仪器，它可以通过和PC链接，或结合专业的图像处理软件将显微镜观察到的样本微观图像输送出来，然后进行测量和研究，这非常有利于研究人员的对被检物体的分析研究。
显微镜照明光路系统的调整是为了使显微镜的视野能受到均匀而又充分的照明，在显微镜初次安装和调试时，就必须把照明光路系统调整好，这是正确使用显微镜，并获得正确、可靠结果的重要手段和zui基本的要求。此外，正确掌握照明光路系统的调整，是使用显微镜过程中更换光源灯泡后所必经的步骤，也是在日常使用过程中不时地检验显微镜性能的必要手段。
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