采用透射激发时，可以使用兰色光线根据普通明场照明法进行照明系统的调节，这包括光源调节及聚光镜中心的调节。如果采用暗场聚光镜，则还需要注意暗场聚光镜的使用及调节方法，当用兰色光线调节好后，就可采用更换滤色片的方法，使标本得到所需要的激发光线照射标本，但要注意使遏止滤光片已在光路中，这样可以保护观察者眼睛免受紫外线损伤。
采用反射激发时，先在光路中加入绿色激发滤光片组，把照明可变孔径光阑与视场光阑完全打开，调节光源位置，使照明光束通过物镜转换器的螺孔中央并使光源成象于物平面上，此时物镜螺孔应是通孔（不装物镜）。检查激发光束是否通过物镜螺孔中央，可在螺孔端面上放置半透明纸观察光源光斑是否居中，在某些显微镜中，光源是在垂直面内调节其上下左右位置，而光源成象是通过集光镜沿轴方向移动来达到的。
在安装光源时要注意光源表面不能沾污手指印及其他斑痕，以免点燃过后，难以清洁，因此，新安装光源时，使用前灯壳表面可用纱布蘸上酒精等有机溶剂揩檫干净，此外，还需要注意电极方向，根据光源要求进行安装，以免发生意外或点燃不亮，灯管应装入灯箱内方可点燃，以防万一爆炸伤人。激发滤光片及遏止滤光片如何组合使用应根据不同荧光标本的激发方法进行选择，一般也可根据使用说明书推荐的配套方法进行选用。
§5.7 使用注意事项
一、由于荧光标本在受激发光激励过程中荧光强度会很快衰减和消失，因此，观察要尽可能在短时间内进行，在不观察时要立即用挡光板切断照明光线，不使激发照射荧光标本。
二、标本所发生的荧光总是很微弱的，因此，显微镜在暗室内进行观察或显微摄影。
三、固有的荧光或特定的荧光发生状态称为特异性，在观察上，这种特异性的检验是很重要的，所以必须要注意影响特异性观察的尘埃、污物，以及在标本制作过程中不要发生顺序和操作的错误。
四、照明光源都含有紫外线，要注意肉眼不能直接看照明光线，以防紫外线对人眼视网膜的损伤。
五、油浸用的油，必须使用发荧光少的油，尤其是使用UV（紫外光）激发时，必须使用“无荧光油”。
六、超高压汞灯在发射强紫外线的同时，还辐射大量的热。所以在光源的正前方要装入隔热片，对其必须实施耐热强化处理，以防破裂、变形。
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