微生物意指肉眼所无法看到的生物体，包含病毒、细菌、原生生物、藻类、真菌。
病毒：
不被归类于生物界的有机体，基本分为两部分：遗传物质核酸和外部的蛋白质，依核酸分为RNA和DNA两类；依宿主分为动、植物和细菌病毒三类。因本身缺乏代谢用酵素而为寄生性。由包吞作用或褪去外壳进入细胞体内，借宿主複制遗传物质，再藉由出芽生殖或溶解破坏宿主细胞释出。虽常造成人体病害，但却是基因表现和生物科技的良好研究材料。
细菌：
分为古细菌和真细菌两类，为缺乏膜状胞器的原核生物。古细菌多生长在特殊环境，例如无氧汙泥中的甲烷菌。细菌依形状分为球状、杆状和螺旋状，虽为单细胞生物，有些却会聚集生长。细菌有许多不同的构造：运动用的鞭毛；接合作用的纤毛，增加遗传多样性；荚膜则为保护构造，通常会影响致病力。少数杆类细菌在恶劣环境下会形成内胞子，度过亿年岁月。
藻类：
具有叶绿体，可进行光合作用，担任自然界中生产者的角色。虽有10μm的单细胞藻类，却也有高达数十公尺的褐藻。依构造和所含色素的不同，可分为绿藻、褐藻、矽藻和红藻。绿藻又可分为单细胞型（ex:新月藻）、群体型、丝状型和膜状型；褐藻饱含褐藻素，细胞壁富含褐藻胶，为重要的食品和制药原料；矽藻则是重要的工业原料，另若经高温高压作用后可形成石油；红藻通常为多细胞藻类，富含胶质和多醣类，可提炼洋菜等具工业价值的产物，或吸收钙质造礁。
原生动物 &原生菌类：
原生动物为可运动的单细胞生物，常以鞭毛、纤毛或伪足运动。
鞭毛如在白蚁肠道与其共生的鞭毛虫；纤毛如眼虫，又称为裸藻，具叶绿体可行光合作用；伪足如变形虫、有孔虫；另外有缺乏运动构造的疟疾原虫，寄生在人体红血球中。原生菌类有黏菌和水黴菌，能产生有鞭毛的遊走细胞为其特色，主要担任分解者的角色。
真菌：
具几丁质的细胞壁，常见的为酵母菌、黴菌和蕈类。酵母菌为不具菌丝的兼性厌氧单细胞生物，以出芽生殖的方式繁殖，再缺氧的环境能进行发酵作用，利用醣类产生酒精。黴菌具菌丝，依孢子颜色作为分类，日常生活zui常见者为黑黴菌，常造成食物发酵；青黴菌也是常造成食物发霉的种类，但自其所提炼的青黴素却自二次大战始，保护人类免于菌类侵袭。蕈类俗称菇类，菌丝会聚集而形成子实体，包括蕈伞和蕈柄两部份，在蕈伞腹面呈辐射状的蕈褶为孢子着生处。
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