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Science子刊:一种检测新冠病毒RNA的双色RT-LAMP检测方法

2020-9-28 15:48

  新型冠状病毒SARS-CoV-2导致2019年冠状病毒病(COVID-19),如今正在全球肆虐。基于此,人类面临着一项重大的公共卫生挑战。快速检测现有的SARS-CoV-2感染和评估病毒传播至关重要。

  基于逆转录环介导等温扩增(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification, RT-LAMP)检测病毒RNA的方法有潜力成为简单、可扩展和广泛适用的检测方法。与基于逆转录定量聚合酶链反应(RT-qPCR)的方法相比,RT-LAMP检测需要在恒温下孵育,因此无需复杂的仪器设备。

  在一项新的研究中,来自德国感染研究中心、德国癌症研究中心和海德堡大学的研究人员使用了一组针对SARS-CoV-2 N基因的引物测试了用于检测SARS-CoV-2病毒RNA的双色RT-LAMP检测方案。相关研究结果近期发表在Science Translational Medicine期刊上,论文标题为“A colorimetric RT-LAMP assay and LAMP-sequencing for detecting SARS-CoV-2 RNA in clinical samples”。

图片来自Science Translational Medicine, 2020, doi:10.1126/scitranslmed.abc7075。

  这些作者从正在接受COVID-19测试的个体的768份咽拭子样本中获取多余的RNA样本,并对这些样本进行RT-LAMP检测。他们测定了利用RT-LAMP检测SARS-CoV-2病毒RNA的灵敏度和特异性。

  与使用一组高灵敏的引物的RT-qPCR检测方法相比,这些作者发现RT-LAMP检测方法能可靠地检测RT-qPCR测试时循环阈值(Ct)不超过30的SARS-CoV-2 RNA,灵敏度为97.5%,特异性为99.7%。

  这些作者还开发了一种不需要事先进行RNA分离步骤的咽拭子直接RT-LAMP(swab–to–RT-LAMP)检测方法,它保留了优良的特异性(99.5%),但比RT-LAMP检测的灵敏度低(对RT-qPCR测试时Ct<30的咽拭子样本而言,灵敏度为86%)。此外,这些作者开发了一种多重测序方法(LAMP-sequencing, LAMP测序)作为诊断验证程序,以检测和记录RT-LAMP反应的结果。