色谱图是指被分离组分的检测信号随时间分布的图象。样品流经色谱柱和检测器，所得到的信号-时间曲线，又称色谱流出曲线。色谱图形状随色谱方法和检测记录的方式不同而不同，迎头色谱和顶替色谱的色谱图为一系列台阶；在洗脱法色谱中，若采用微分型检测器时，分离组分的检测信号随时间变化的图形为近似于高斯分布的一组色谱峰群，色谱图的纵坐标为检测器的响应信号，横坐标为时间、体积或距离。
质谱图，不同质荷比的离子经质量分析器分开后，到检测器被检测并记录下来，经计算机处理后以质谱图的形式表示出来。在质谱图中，横坐标表示离子的质荷比（m/z）值，从左到右质荷比的值增大，对于带有单电荷的离子，横坐标表示的数值即为离子的质量；纵坐标表示离子流的强度，通常用相对强度来表示，即把最强的离子流强度定为100%，其它离子流的强度以其百分数表示，有时也以所有被记录离子的总离子流强度作为100%，各种离子以其所占的百分数来表示。
【色谱图】
Basepeak 图：
看到上图，做过LC-MS/MS实验的童鞋是不是有一种似曾相识的感觉？你肯定在哪里见过。
Basepeak图是色谱分离过程中将每个时间点质谱检测信号最强的肽段的强度值连续描绘得到的图谱。图中峰多信号强说明样品复杂度高量也足。
一级质谱图是一次质谱全扫描内所有母离子的信号分布图，二级质谱图是特定母离子在高能碎裂后产生的二级离子的信号分布图，样品经质谱鉴定后生成的质谱文件实质是数万张一级质谱图和二级质谱图的叠加。
原始二级质谱图，如下图（m/z=377.54），为实际检测到的二级离子的质荷比的分布图，只有一个个孤独的峰，代表一个个孤单的子离子，没有归属，只有将其大小与宗氏族谱（理论的肽段序列碎裂后生成的二级离子分布）匹配后，方能知道其名姓（肽段序列）。匹配后的图就是文章里提到的有注释信息的二级图，也叫做b,y离子匹配图。
修饰组学及一段肽的蛋白发文章时可能会被要求提供b,y离子匹配图。
B,y离子匹配图
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