液相色谱柱的选择应根据目标分析物的分子量大小、溶解性、Pka值，以及分离要求、仪器、成本等各方面来考虑，比如说可以根据分离目的选色谱柱，对映体分离常选择手性柱，离子化色谱可选择离子柱，蛋白多肽、DNA可选择凝胶柱或离子交换柱，一般的小分子化合物可选择普通反相柱，如C18、C8柱、苯基柱等等。
根据实际需求和设备选择填料粒径，普通HPLC一般选择5μm或3.5μm粒径的色谱柱，而UPLC则常使用1.7μm——3.5μm的色谱柱。比表面积，高比表面积有助于分离，低比表面积更适合梯度洗脱程序。
液相色谱柱的相关知识点扩展：
1）平均颗粒度，颗粒度分布颗粒度(dp)越小：柱效越高(传质好，涡流扩散小)柱压越高(渗透性差)颗粒分布
颗粒分布越宽∶柱效低(渗透性差)
颗粒形状球型∶柱效高、重现性好、柱床结构均匀
无定型：柱床结构不均匀流动相线性速度不均匀，谱带扩展
2）键合相化学
1.影响化合物的分离度
2.不同键合相对不同种类的化合物分离不同
3.可能导致色谱的分离机理不同如：C18、C8、CN
3）含碳量
1.含碳量越高，k‘值越大（固定相传质效应增加）
2.高含碳量 有利于不易保留的化合物的分离、水解稳定性好，重现性好、有利于极性化合物的拖尾改善
3.低含碳量 有利于分析中性及碱性化合物、降低溶剂损耗、填料的端基封口、封口残余硅羟基、减少不可逆吸附或拖尾、增加碳含量（0.1%-1%）
4）填料的端基封口
封口残余硅羟基、减少不可逆吸附或拖尾、增加碳含量（0.1%-1%）
5）硅胶的活性
主要影响碱性化合物的保留行为：k'，生产硅胶时处理温度不同，硅胶活性也不同，是选择性差异的主要来源，硅胶的杂质含量，重金属含量低，硅羟基活性小，拖尾减小，是色谱柱质量好坏的重要标志，填料的稳定性，硅胶填料，pH：2-8，聚合物填料，pH：2-12，pH值小于2时，键合相水解，液相色谱法能否将某一样品完全分离，主要取决于液相色谱柱的选择性和柱效，这在很大程度上取决于固定相的选择是否适当。
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