现代液相色谱中，分离效果好坏很大程度上取决于色谱填料的选择中，现如今多采用细粒径以获得高分辨率。但是，细粒径填料的流体阻力往往很大，必须采用高压泵以将流动相强制输运通过柱子。所以，柱子必须能承受高压而不泄漏、不破坏才行。色谱填料的选择范围很宽，要做合适的选择，必须对此有一定的认识和了解。
常用的HPLC色谱柱多为硅胶基质填料的，又分正相色谱柱和反相色谱柱两大类。其它填料的色谱柱还有聚合物填料的和无机填料的，应用较少。
1、正相色谱
正相色谱用的固定相通常为硅胶以及其他具有极性官能团，如胺基团（NH2，APS）和氰基团（CN，CPS）的键合相填料。由于硅胶表面的硅羟基（SiOH）或其他极性基团极性较强，因此，分离的次序是依据样品中各组分的极性大小，即极性较弱的组份zui先被冲洗出色谱柱。正相色谱使用的流动相极性相对比固定相低，如正已烷（Hexane），氯仿（Chloroform），二氯甲烷（Methylene Chloride）等。
2、反向色谱
反向色谱用的填料常是以硅胶为基质，表面键合有极性相对较弱官能团的键合相。反向色谱所使用的流动相极性较强，通常为水、缓冲液与甲醇、乙腈等的混合物。样品流出色谱柱的顺序是极性较强的组分zui先被冲洗出，而极性弱的组分会在色谱柱上有更强的保留。常用的反向填料有：C18（ODS）、C8（MOS）、C4（Butyl）、C6H5（Phenyl）等。
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