作为离子色谱仪器的心脏，离子色谱的分析柱一直是影响离子色谱分析结果的一个重要因素。
目前，离子色谱用的分析柱主要由一定内径的柱管加上不同类型的填料所组成，针对离子色谱流动相比较多的采用酸、碱、盐的特点，目前，多数离子色谱柱管材料由EK材料所组成，随着离子色谱对柱效要求的提高，离子色谱所用的填料颗粒也越来越小，同时也对柱管所能够承受的压力要求越来越高，新型的离子色谱柱要求能够承受40MPa的压力。
此外，对特定的分离方式色谱柱，色谱柱内径可采用9mm规格，而对于一些用于半制备用途的离子色谱柱，也可采用大内经规格。
一般离子色谱柱内径约为4mm或4.6mm，这样的色谱柱比较适合于常规1ml/min流量的分析，针对特定的痕量分析和联用技术的需要，新型的离子色谱柱液采用微孔型离子色谱柱，微孔型离子色谱柱内径约为2mm，需要的流量只要常规离子色谱的1/4，但对于同样的进样量，检测信号可以提高4倍，而所用流动相大大减少，是离子色谱今后一个发展方向。
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