在以反相液相分离极性和离子型化合物时常采用缓冲溶液作为流动相。缓冲溶液应具有足够高的离子强度，这样可以避免出现不对称峰和峰分裂。
缓冲液应具有以下特征：
1 在pH=2~8之间要有足够大的缓冲容量；
2与检测器匹配；
3可以与为了改善分离添加的有机溶剂混溶；
4 能促进平衡速度的提升；
5 可以掩蔽吸附剂表面上的非特异活性位点。
通常不使用乙酸盐缓冲溶液，因为它与带阳离子的溶质会形成非极性配合物；也不用卤化物，以免腐蚀液相色谱仪。
流动相的pH值对可解离溶质的影响很大，直接影响到其带电状态和疏水性，所以在分离肽类和蛋白质等大分子时，经常要加入修饰性的离子对试剂。
强酸或强碱等离子化的溶质，在反相键合相上的保留值很低，常在接近于死时间流出。根据离子对色谱的原理将一种与样品离子电荷相反的离子，加入到流动相中，使其与样品离子结合生成弱极性的离子对，即中性缔合物，增强样品的疏水性，使保留值加大，达到适宜的分离效果。
首页
