多数液相色谱仪色谱柱有很宽的试验条件范围，但具体应用又受到限制，主要是pH值、柱温和流动相的选择。

  传统硅胶为基质的键合相要求pH值在2~8之间，极端pH值的流动相能“溶解”硅胶，使键合相流失。结构非碱性组分的保留不断减少，碱性组分的保留增加，引起碱性组分峰变宽。如果一定要用高或低pH值的流动相，可加保护柱。保护柱装在泵和进样阀之间，用分析柱相同的填料填装，或用普通硅胶。硅胶饱和了流动相，减少了分析柱填料的损失。保护柱不要求柱效高，用价格低的一般硅胶疏松的填装，按期检查硅胶的溶解情况。用保护柱也有不利的影响，即新流动相难以平衡，保留时间不稳定或稳定慢。使用了保护柱一定要加流路过过滤器，以防止硅胶微粒引起的麻烦。目前很多检测仪器厂商开发了满足低或高pH值缓冲液的色谱柱填料，具有很好的稳定性。

  以硅胶为基质的柱和阴离子交换柱超过60℃后，会增加对流动相中化学物质的吸附。在高温下用小颗粒柱引起床塌陷，降低柱效，改变峰形。

  有些流动相中的溶剂不能用于某些柱，如小颗粒的聚苯乙烯填料不能用于非水的排阻色谱。另一方面，有些柱与某些溶剂一旦达到平衡，不要随意改用其它溶剂。